陵水湖位於烈嶼西南沿海，為小金門最大的淡水湖，西鄰大海、北起上林、東至上庫與楊厝、南抵青岐等聚落所環繞，但它並不是一座天然湖泊，乃是由人力開鑿而成。原本還未開鑿之前，是一處海埔窪地，並與外海相連，漲潮時汪洋一片，退潮時又泥濘不堪，既沒有平原般的豐饒土壤，又無法做為養殖魚池之用，所以早在元代時，由自宋末播遷此地開墾定居的上庫村吳姓先民，便將此開闢成用來曬鹽的鹽田，即浯洲鹽場十埕之一的「烈嶼埕」，並將鹽產運銷內地，以維持生計。
　　當時來自福建的船隻，就隨著漲潮停靠在上庫村前方，因此為了庇佑航行海上順利平安，迎請「廈門禾山何厝順濟宮」祖廟香火來此興建天后宮，以祈求海洋女神媽祖娘娘的護持。但鹽業的發展至民國三十五年（1946）因式微而停止，加上每逢漲潮時就氾濫成災，退潮後又成了極利於蛙兵摸黑登岸的不易防守之地，於是在民國五十二年（1963）的時候，由當時駐守烈嶼的虎軍部隊將鹽坵挖深，興建堤防開闢成道路，攔港築堤為湖，以上庫吳氏「延陵衍派」命名為「陵水湖」，這也就是不臨港口的上庫村為何奉祀天上聖母的原因。
　　所以這座位於陵水湖畔、秀才厝前側，原本因是泊船古碼頭而蓋的天后宮，應該始建於明代初期，原名為「媽祖宮」，後因媽祖在清康熙二十三年（1684）施琅成功攻下台灣之後，奏請康熙被敕封為「天后」，故改名為「天后宮」。
　　到了清朝末年，據說某日傍晚已近黃昏時，上林村來了位身穿長袍留撮小鬍子的老者四處在問路，剛好遇到外出去行醫看診回來的劉清添，一問之下才知這位老者姓吳，表示想去探訪自己在青岐的吳姓親人，因路途不熟不知怎麼走，所以才在此問路。但劉清添卻告知他，吳姓宗族聚落就在鄰村的上庫，並不是在青岐，反問他是不是記錯了？
　　經怎麼一說，老者不禁搔了搔頭，露出了一臉茫然的神情。雖然由上林到上庫僅有幾步之遙，但劉清添瞄了不出聲陷入沉思的老者一眼之後，又看了看天色已晚，便主動邀他至家中留宿一晚，隔日一早再陪同前往上庫無妨。老者也不推辭，就隨劉清添回到家中喝茶歇息，並一起共進晚餐。
　　兩人席間相談甚歡，一見如故，原來劉清添雖為私塾先生，但對醫術病理略有研究，就開了間漢醫藥鋪，在附近鄉社內懸壺濟世。而老者不僅博學多聞，談起藥材醫理也十分專精，於是老者留下一帖煉製藥膏處方，做為知遇之恩和招待報答之禮，囑咐於瘟疫流行時，可以依處方藥材大量煉製來濟世救人。
　　經秉燭夜談，甚為投機，劉清添卻在不知不覺中沉沉睡去，待天將破曉之際，劉清添才悠悠甦醒了過來，他惺忪著眨了幾下眼睛，一臉茫然地環顧了一下四周，發現老者已不在屋裡，他趕緊起身詢問家人老者何去？原來老者一早便已告辭，動身前往上庫去尋訪親人。劉清添得知後，也隨即朝屋外跨出，往上庫方向走去。
　　一大清早就已在上庫田間耕作的農夫，見老者徐步緩緩地踱來，他便親切地打了聲招呼，還詢問老者的去處。老者鞠躬行禮，恭敬有禮地說他姓吳，要到上庫探訪吳姓親人，農夫一聽，便告訴老者這裡就是上庫，全村都姓吳，要找哪位？老者卻笑而不答，謙卑的拱手稱謝，敷衍地交代了兩句，說完後就往村子走去。
　　但才一轉眼，農夫卻遍尋不著老者的蹤影。不一會兒就見到劉清添往他這邊走來，向他詢問是否有見到老者，農夫隨即將自已剛剛的遭遇告訴劉清添。事後兩人問遍上庫所有的人，都未曾見過此人，不禁面面相覷，一股不可思議的氣氛在他們之間蔓延開來，於是帶著滿腹的疑惑向村裡的耆老請教。經數位耆老共商討論，根據種種跡象顯示，像是老者姓吳，又精通醫術，直覺判斷，此人應是大道公的化身。只是大道公為何會顯靈現身上庫，莫非是有什麼大事要發生？
　　果然，據金門縣志記載：「光緒二十年（1894），後浦頭、後水頭、沙尾等鄉忽發現鼠疫，傳染甚速，死數百人，為金門前所未見。」為鼠疫在金門最早的紀錄。當時上庫及上林就是靠老者留給劉清添的這帖處方，大量煉製藥膏來救治病患，才安然度過此劫。
　　於是村中主事耆老擇吉日在天后宮前備香案，先焚香禱告，敬謝上蒼，保佑上庫及上林能逢凶化吉，倖免於難。再向境主媽祖娘娘稟告，由於大道公顯靈示警，上庫及上林方能安然無恙，請求媽祖同意迎請大道公神尊入廟奉祀，共享香火，並獲得三聖筊應允。因此隔年年初，主事耆老率團前往漳洲「慈濟宮」大道公吳真人祖廟，誠心祭拜獲得三聖筊，迎請大道公神尊香火，分爐返回本村天后宮奉祀。至清光緒三十一年（1905）因初建時規模不大，兩位神明又香火鼎盛，故在原址重建大廟，這就是天后宮共同尊奉媽祖娘娘和大道公吳真人的故事經過，這也打破民間信仰媽祖娘娘和大道公吳真人兩神尊不共祀於同一廟的傳統。