近年來，農委會漁業署針對海洋撈捕的管控及人工養殖來增補日漸枯竭的漁業資源，尤其加強沿海漁業資源的保育及兩岸漁業的交流，共同致力於海洋資源的保護。本縣水試所也為繁榮漁村經濟，推動石蚵美食，並舉辦「海蚵文化季」活動，發展休閒漁業不遺餘力。
為強化金門沿岸海域漁業資源，水試所也常推行種苗放流活動，投放人工魚礁，營造海洋牧場，結合海域多元利用規劃暨休閒漁業， 發揮聚漁效果，豐富漁民捕撈資源，嘉惠地區漁民，以利金門漁業發展。凡此種種均為當前維護海洋生態迫切需要的工作，但成效如何仍須從多方面的因素來作探討，尤其是兩岸的漁政管理。
回想民國40-60年代，金門海洋生態非常多元且漁產資源豐富，但沒想到工商業發展後卻帶來嚴重的海洋污染與環境變遷，加上漁民過度捕撈，使得海洋資源呈現枯竭狀態，該如何挽救乃是兩岸當前重大課題。廈門市海洋漁業局也於2013年發佈《廈門市海洋環境狀況公報》，加強大眾對海洋生態環境的保護意識，以求海洋資源可持續利用，並提升海洋生態文明的水準，這是我們兩岸共同的期待。
金門與大陸有深遠的歷史文化關係，經考古學家之貝塚考證，金門有人居住的事實，已有七千五百年歷史，且靠海維生，由此可知金門百姓生活與海的關係非常密切。又近五、六十年來，由於國共冷戰，使得金門漁民由盛轉衰，主要原因是金門海域，幾乎有四分之三以上受中共控制，又加上大陸漁民捕魚技術日愈精進，幾乎將金廈海域的魚種都捕撈殆盡，金門人難以再靠海為生。若兩岸漁政機關不合力嚴格地管理，即使我們水試所做更多的復育放流也無濟於事。
本縣各環境保護單位也舉辦各項世界海洋日宣導活動，一致強調海洋生態的重要性。特別也引用聯合國之宣導主題「我們的海洋，我們的責任」「one ocean, one climate, one future」，我們都知道地球表面有70%屬於海洋，過去人類的發展都倚賴著海洋，它對各國經濟，社會及環境都具有一定的影響力。根據科學統計：海洋所釋放出的氧氣比全球森林所釋出的總合還要多，對全球暖化及氣候變遷的調節影響甚大；若以對人類身體健康來說，海洋也是全球數十億人所需動物蛋白質的重要來源；且海洋擁有相當數量的礦物、油、鹽、金屬等資源，更是人類生活必需品及醫藥發展的重要來源；在經濟發展方面，有高達九成的國際交易商品都是透過航運；除此之外，海洋還具有政治、軍事的重要性，就如金門就常成為歷代及目前兩岸的重要戰略地位。因此我們若不好好珍惜海洋生態資源，一連串的破壞及污染，無管制的捕撈活動，外來入侵物種，使得生物多樣性生態環境受到嚴重的破壞，我們人類將付出可怕的代價。如果我們希望充分得益於海洋所能帶來的惠益，就必須消除人類活動所產生的破壞影響。因此，喚起民眾對於海洋生態的認識與保護，是我們每個人都應該採取的行動。為保護海洋生態，我們更要呼籲大陸認真履行自定的《中華人民共和國海洋環境保護法》，停止金廈外海沿岸抽砂行為，以免導致金門海岸嚴重侵蝕、海沙流失、海岸內縮、海岸退卻或海岸倒退、利用土地面積減少、砂質地面下降及海洋生態的破壞。