2001年金門與廈門的小三通破冰之旅，開啟52年的交通封鎖線，選擇料羅港及和平碼頭為金門與廈門兩岸人民通往的口岸。
金門的小三通協議，最初有提到要以沙坡尾碼頭為廈門登船口岸，它是1931年海后灘第四段築堤填灘工程竣工後，自廈門發電廠南岸的沙坡尾一帶沿海沙坡，作為小貨船停泊卸貨碼頭，現在成為廈門漁船作業的聚集地。
和平碼頭原名太古碼頭，位於廈鼓航道的東側，是客貨綜合碼頭，港區為主要的國際客運碼頭和國內沿海中長途客運碼頭。英商太古洋行於光緒六年（1880年）在海后灘原島美路頭修建太古浮橋及躉船。繼而1919年先在廈門海后路灘頭建造碼頭，1933正式籌建太古碼頭，1935年新碼頭竣工，可以由引橋客貨直接上下輪船，同時停泊兩艘4000噸級的輪船，改善輪船停泊海中時需要客貨過駁的驚險局面。1958年太古碼頭才改名為和平碼頭。
和平碼頭緊鄰市區，沿著鷺江道堤岸走進繁華熱鬧的中山路，觀光購物皆稱便利，鼓浪嶼輪渡又近在眼前，成為金門人最熟悉的消費生活區。後來登船港口移至廈門內港中段的東渡碼頭，東渡原是古渡口，位於廈門島弧尾山西面的山腳下，宋、元、明三朝時，是政府設立的官渡，因為與西岸的嵩嶼對渡，故稱為東渡，東渡碼頭距離市區3公里，公共汽車班數較少，出入多以計程車運載稱便。後來再增加廈門島東北端的五通碼頭，兩個口岸東西相向，最後僅剩五通碼頭為唯一的小三通碼頭。
金門試行小三通金廈航線，首先走的是料羅港，航道遠且風浪大，隨著兩岸航班人數增多，將水頭港開闢為與廈門、南安石井的通航口岸。
翻開金門和廈門的海上交通歷史，金門西南隅的同安渡頭，是古時候到同安縣城的官方碼頭，走內海直達同安劉五店碼頭，劉五店碼頭隔海相對地即是廈門五通古渡，五通古渡是南宋迄至民國時期，長達800年之久，為廈門與內陸之間的重要交通水道，兩岸人民來往尚稱便捷。清代為泉州到廈門的官渡口。乾隆26年（1761年）起，內地渡口都設舖遞，司兵管理，公家的文件由船戶從同安縣城，帶到金門同安渡頭，再入投各衙門。
清代中葉，南北海運航道暢行，廈門成為福建重要的貨物轉運商港，金門前往商貿的船隻增多。乾隆年間廈門詩人陳邁倫的〈詠水仙宮〉詩云：「近城煙雨千家市，繞岸風檣百貨居」來形容當時的商貿盛況，水仙宮渡頭就是金門籍船舶停泊廈門的集散碼頭：乾隆年間水頭名商黃汝試，即是少年赴廈門水仙宮渡船家幫傭，後來經營南北艚船致富，返鄉後建造酉堂別業及捐建浯江書院。近代的水仙宮碼頭，一度改為廈鼓客貨運舢舨船、機帆船的專用碼頭。
如今金廈交通航程雖然僅半個小時，兩岸碼頭變遷依然有一些歷史千秋。