新加坡為祖籍金門的海外移民最集中的城市國家，也是金門地緣、業緣鄉團數量最多的地方。新加坡金門會館為現今新加坡金門裔鄉僑的凝聚中心，扮演了團結互助、聯絡鄉誼、敬老助學、文化傳承的社會功能。
新加坡金門會館的前身為浯江孚濟廟，倡議於1870年，正式成立於1876年。首任大總理為祖籍金門西山前的李仕撻（1839-1911年）。一開始的會所擇牛車水士敏街（Smith St.）49號及51號二層雙進店屋，一樓中堂主祀分香自金門的聖侯恩主陳淵及其夫人神像，期能庇佑遠渡商旅；後殿供奉福德正神；樓上則預立鄉賢祿位，以配享祀。
1911年李仕撻逝世，浯江孚濟廟總理一職由祖籍金門後浦頭的黃良檀接任。黃良檀設辦事處於廟之後進，以為鄉僑往來寄寓之所，謂之「金門公司」。1913年黃良檀哲嗣黃安基繼任總理。他與副總理陳芳歲結合了金門本地商紳林乃斌等123人聯名電呈福建巡按使許世英，請願金門設立縣治。經許世英咨陳當時北洋政府內務部，於民國4年（1915年）4月9日奉批令准如所議辦理，正式成立縣治，設縣知事，民國14年（1925年）並將知事改為縣長。黃安基、陳芳歲等海外僑領對於家鄉公共事務的關注，立下了極佳的典範，也使得後繼者將金門的公益事業視為己任。
1919年孚濟廟改建為三層店屋。頂層廳堂布置簡樸，正中設一大神壇，供奉聖侯恩主夫婦兩尊大神像，雕工精緻；二樓作為金門公司之使用。一樓則出租營利。1927年，正式在英殖民地政府的華民政務司註冊為金門會館。在1920-30年代，金門會館積極參與金門公共事務，從交通運輸改良、籌募賑災到興學補助，幾乎不遺餘力，是促成金門早期現代化的重要推手。
1974年，政府宣佈徵用士敏街會館，9月購置新會所委員會成立，王濟堂任召集人。1975年9月商借浯江公會，安置恩主公神龕奉祀，並正常辦公。1977年，租用慕理街（Murray St.）2號2樓為臨時辦公所，開始籌建金門會館大廈募捐委員會，積極覓址。1978年，主席黃祖耀倡議重建會館，並率先捐獻鉅款，獲黃木榮、謝漢、王濟堂、楊清芳、黃章福、張允中、張允伏、林蔭華、周元興、許乃斗、邵永發等商界領袖及眾多鄉僑熱烈響應。1979年10月，購買慶利路（Keng Lee Rd.）72號舊式獨立房屋一座，佔地總面積二萬零七百餘平方呎。此即現在金門會館的永久會所場址。1982年，當局核准起建金門會館大廈。1983年1月9日，主席黃祖耀主持動土儀式。1985年1月14日竣工落成，3月遷入。新廈樓高4層；同時新修訂會館章程，使之符合現代宗鄉會館的管理運作。同年1月16日，金門會館正式註冊獲准。2006年12月13日，金門會館慶祝大廈擴建竣工暨第二屆金門商品文化展開幕，金門各界代表率祝賀團前來。近10餘年來，新加坡金門會館與金門原鄉的關係緊密，返鄉尋根、各式講座、新加坡金門人足跡調研等活動連結了血緣與地緣的情誼，也使得海外新加坡金門人拚搏的事蹟得以被重新認識與學習。
新加坡是一個高度現代化的國家，傳統華人鄉團的文化保存不易。但自1980年以來，金門會館對於文化傳承、推廣與行銷，不遺餘力，歷年來舉辦傳統節慶、參與文藝與慈善活動、接待世界各地同鄉會團、協助新加坡宗鄉會館聯合總會與華社辦幼稚園與補習班；近年更改革會務，舉辦同鄉畫展，定期出版會訊，開辦各種課程（如針對婦女舉辦烹飪課，教授福建薄餅、各式菜餚的製作）、講座、展覽、演出，舉行象棋賽、乒乓球賽等，活動多樣別致，吸引新生代參與，並培養年青幹部，為會館注入新血。1998年成立的文教部、青年團，更是為這些文化教育的紮根與推廣，盡心盡力。2014年，在會館145週年的慶祝活動上，出版《金門先賢錄‧新加坡篇》一書，記錄且保存先民的貢獻。2020年為新加坡金門會館150週年的大日子，在現任主席蔡其生的領導下，會館走過歷史、面向未來，開拓、傳承與創新，是海內外金門人共同的榮耀。