陳水扁國務機要費貪瀆案，在吳淑珍等被起訴後，社會各界要其下台的壓力益加沈重。高志明要他為了台灣未來「自動請辭，含冤下台」；李遠哲說：「貪腐不知悔改，必遭唾棄」；陳師孟發表公開信，呼籲阿扁「引退受審」；黨內清流林濁水、李文忠辭立委，表達對民進黨鄉愿護扁的不滿。阿扁焦頭爛額、困坐愁城，據傳正在思考李遠哲「慎重考慮去留問題」之際，台北市政府送來大禮，馬英九的特別費，出現假發票疑雲，民進黨「打馬先鋒隊」窮追猛打，弄得馬英九苦於應付而進退失據。那一廂，阿扁「嘴笑目笑」、「走路有風」，又開始訴說著「轉型正義」為自己叫屈，儼然忘了他是待罪之身，令人不齒。

一向以高道德標準、以清廉自許，行事謹小慎微、心中坦蕩、清正做人的馬英九；也是備受國人期待，具有國際觀、有高道德、重清廉的指標性政治人物，甚至有「政治模範生」的美譽。如今在敵對陣營一小撮扒糞民代、爆料抹黑、狂轟猛打之下，市府職員余文便宜行事捅出來的紕漏，讓馬英九陷入特別費弊案疑雲，使他一路走來如終如一的清廉、自愛形象受損，面對著他從政以來的最大政治風暴。而最讓馬英九難堪的，是他碰到麻煩，必須全黨一致對外時，黨內卻是冷嘲熱諷者有之；倡議集體領導者有之；尤有甚者，拱連戰復出，提排馬AB計畫的傳聞甚囂塵上，所以，馬英九除了弊案這一關要過，他泛藍共主地位以及黨主席之位岌岌可危，才是他目前的困境與危機。

馬英九的行事風格與魄力，經常遭到質疑、詬病者，不外其執著於依法行政的「法匠」性格，以及遇事瞻前顧後、猶豫不決的缺乏魄力與決斷力；更嚴重的則是他「危機處理」的能力。馬英九身兼二職，不知其在黨、政兩個團隊有無「緊急事件處理小組」之類的編組？從現代行政學概念言，他在黨部及市府，在平時即應責成黨的一位副主席、市府的一位副市長，分別成立黨、政體系的「緊急事件處理小組」或「危機處理小組」，兩個系統間並應建立協調機制，處理共同性的問題。這樣的小組平時在做內部管控與建立危機處理的預防機制（有稱「危機管理」者）；一旦事發，則啟動「危機處理」機制，遂行謀定而後動的緊急應變作為，對外發言應統一口徑，以免各說各話，誠信受損。

馬英九對於這次政治危機的處理過程和面對政治風暴的處理態度，顯示其政治判斷出現誤差。從八月初馬小九事件到最近弊案爆發，長達三個半月的時間，但是，不論黨或市府團隊，都顯得漫不經心、毫無警覺性。假發票事件顯示內部預防機制、危機處理不足；而案發後，倉促之下的記者會，以「行政瑕疵」帶過；及之後的捐款動作，說法不一，曖昧不明之舉，進退失據之窘境畢露。馬英九不願讓八年任期留下遺憾的求全個性，讓他評估自己「不用下台」。但是，馬英九如果敢以作秀心態來政治操作，在假發票案發的第一時間，發表一篇以高道德標準為訴求、擲地有聲的宣示，辭去市長或請假候審，讓司法及民意來檢驗他的清廉，所產生的政治效應將難以估計，可收眼前北、高市長雙勝之利，並讓他的政治聲望再攀高峰，若說馬英九錯失良機，則屬見仁見智也！

馬英九在「紅衫軍」倒扁活動期間扮演的角色，被施明德譏為「法匠」；也有批評他「不作為」是在看著貪腐的阿扁與民進黨共沈淪，他只要好整以暇地坐等2008年的總統寶座。但是，經過這次「特別費風暴」的洗禮，不論將來的法律責任如何？他應從政治險惡的漩渦中學到教訓；也應該體會到遲疑與不作為絕對不是好策略；在領導風格與行事作風方面，應朝向更寬大的格局來作調整與改變。馬英九的政治戰略目標如果鎖定在2008年的總統大位，擺在面前的是要做好短、中、長程的戰略布局，在卸下市長職務，專任國民黨主席之後，應籌謀黨的革新與再精進，並為國民黨的未來找出正確的方向和對的策略。

馬英九去年在競選黨主席時曾提出「面對改革的關鍵時刻，沒有榮華富貴可以享受，只有千金重擔必須承受；讓我們一起為改造國民黨而努力，重建人民信心，再燃台灣希望！」的願景。面對2008年怎麼迎接擅長於選舉的民進黨的挑戰和攻擊？在此以一段軍歌的歌詞相贈：「莫等待，莫依賴，勝利絕不會天上掉下來；莫等待，莫依賴，敵人絕不會自己垮台」。