我國主張釣魚台及黃岩島係我國固有領土，因此行政院在民國88年2月10日公告「中華民國第一批領海基線、領海及鄰接區外界線」，其中就已公告釣魚臺列嶼與黃岩島的領海基線。由於「領海」的概念是主權國家相對於外國而言的國家海域主張，因此我國海巡署針對外國（如日本、菲律賓）非法船舶，進入我國釣魚臺列嶼或黃岩島領海之執法法源，係依據《中華民國領海及鄰接區法》。
現在我國面臨的問題是，兩岸關係目前非國際法上「國與國」之關係。換言之，我國不能對中國大陸主張12浬領海範圍。然而中共始終不放棄武力作為解決台海問題之手段，我政府自不能任由具敵意的中共船舶航行於臺灣地區鄰近海域，而毫無管制措施。因此現行解套的方案係依據《兩岸人民關係條例》第29條規定：「大陸船舶、民用航空器及其他運輸工具，非經主管機關許可，不得進入臺灣地區限制或禁止水域、臺北飛航情報區限制區域。前項限制或禁止水域及限制區域，由國防部公告之。」
綜上可知，國防部公告之限制、禁止水域範圍，可視作我國為防止中共船舶進入我方海域之執法依據；而現階段國防部公告臺灣、澎湖、綠島、蘭嶼、彭佳嶼、小琉球、七星岩與東沙群島等限制、禁止水域範圍，恰與領海範圍一致，由此更可見保護海域主權之目的。
惟筆者研究發現，上述對中共之解套方案似有漏洞。現階段我國防部尚未公告釣魚臺列嶼、黃岩島之限、禁制水域；換言之，倘中共船舶進入釣魚臺列嶼及黃岩島水域，在不適用《中華民國領海及鄰接區法》對中共船舶執法的前提下，海巡署是缺乏執法依據的。
這裡衍生另一個問題是，國防部是否係「刻意」不公告釣魚臺列嶼、黃岩島之限、禁制水域？由於兩岸於南海、東海因歷史因素導致具有相當之共同利益，中共方面也已明確表示臺灣船舶於南海及東海沒有執法上的問題。換言之，倘我國國防部公告釣魚臺列嶼、黃岩島之限、禁制水域，在情感與政治上，都等同打了中共一巴掌。
如此看來，兩岸於釣魚臺列嶼、黃岩島水域相互不執法之現況，或可解讀為兩岸善意的暗示性合作。