2016年5月政黨輪替，現已滿一周年，陸客赴台觀光人數減少的現象並未改善。然而，透過比較數據可以發現其並未衝擊到金門「小三通」航線。
金門、馬祖因為地理位置的因素，做為兩岸開放最初的一個節點。隨後，政府為建設與發展外島經濟，逐漸擴大「小三通」範圍並放寬限制，實施常態性的「小三通」政策，使其規模日益擴大，已成為兩岸重要來往通道。其中，金門與廈門僅30分鐘的航程，因此金門「小三通」成為此政策中兩岸人員往來最多、航班數量最頻繁的一個重點航線。
2016年之後，兩岸關係面對蔡英文政府不正面承認「九二共識」，陷入僵局，失去官方協商管道。但是，在這樣的狀況下，陸委會在政策上仍然大力支持「小三通」，因為「小三通」為陳水扁執政時期的政策，若此行線式微將被視為民進黨政府在政策上不連貫的自我矛盾。再者，金門地方政府和立法委員相當重視「小三通」對當地帶來的直接利益關係，積極爭取中央政府的支持，同時亦與大陸方面保持友善的互動，因此在大陸政府緊縮陸客來台旅遊人數的現況下，金門「小三通」航線能夠不受影響。
並且，在行政劃分上金門縣屬於中華民國福建省管轄。2000年民進黨政府背離當時支持直航的民意，而選擇「小三通」政策，主要是受意識形態對立所產生的一個平衡決策。根據潘錫堂的研究：大陸方面將「兩岸直航」視為是「一個國家內部的事務」，並且主張「一個中國」原則與「一國兩制」； 陳水扁政府則認為「兩岸直航」屬於「國際航線事務」，這種兩岸不對等的立場，不是深具台灣主體意識的泛綠陣營所能容忍。此外，他們認為大陸政府利用通航，達到「以通促統」、「以經促政」、「以民逼官」的分進合擊之政治目的。
所以，當時民進黨政府不採用兩岸直航，而透過金門及馬祖兩處位於大陸及台灣本島中間第三地做為緩衝。2008年國民黨政府執政，由於馬英九政府支持「九二共識」，以較樂觀的態度看待兩岸關係，在往後八年任內，開啟「大三通」政策，包含飛機直航之兩岸航線和開放台灣本島多處港口以渡輪方式直航大陸地區。「大三通」政策以節省企業家、人民甚至政府官員往返交通支出，從而強化兩岸經濟發展，使得兩岸人員往來達到巔峰。兩岸關係在經濟合作及社會文化交流方面呈現頻繁熱絡的情況，從而增加雙方政經信任基礎，彼此依賴程度也更加密切。
2016年新政府上台，大陸方面縮減陸客來台旅遊人數，卻未反應在金門「小三通」航線上，大陸政府這個做法似乎是在呼應2000年民進黨政府執政時期對於「兩岸直航」的政治方面考量。由於民進黨政府並不支持「九二共識」，甚至以「新南向政策」要減少對中國大陸的依賴程度，並增加人民脫離意識，是對「一個中國原則」很大破壞。
所以，大陸政府僅在直接到達台灣本島之「直航船班」人數上進行縮減（例如基隆港兩岸航線所受的衝擊），是對於民進黨政府在「台獨」意識上的打壓及警告。金門縣在行政劃分上屬於中華民國「福建省」管轄區，其小三通航線旅客人數不受影響，大陸政府這樣的差別作法似乎是以現實壓力對台灣政府宣告，只要民進黨政府正視「九二共識」，遵守「一個中國原則」的對外關係，就不會以政治權力對台灣方面造成負面影響。
「九二共識」是國民黨執政時期兩岸政策的主要基礎原則，促使兩岸互動蓬勃發展。2016年政黨輪替，由於民進黨政府不承認「九二共識」使得陸客來台旅遊人數出現明顯地減少，對台灣整體旅遊業造成不小的影響，進而影響台灣經濟的發展。然而，從金門「小三通」未受到政黨輪替的波及，可見政治因素對各地造成的衝擊不同，地方政府的態度亦會影響其所面臨的困境。執政黨對外政策的差異，可能會為台灣帶來新的發展，卻也會造成原本的經濟系統出現改變，不能否定的是，台灣內部在意識形態上的對立，使得兩岸政策前後無法連貫，對於各地的旅行相關業者造成經濟收入上的不穩定。
值得注意的是：在兩岸失去官方協商管道的現在，基隆兩岸航線未因人數驟減而減少航班。此現象表示出大陸方面釋出善意保留兩岸往來的通道，並非真的要切斷兩岸的人員來往。其以大陸籍船運公司的損失維繫「兩岸直航」的運作，給予雙方時間磨合，期待新政府在兩岸政策中找到平衡點，打破「統獨」的零和遊戲，創造雙贏，為台灣社會創造穩定和平的環境。