故宮南院落成啟用不過兩年，但對觀光客顯然已經失去吸引力，除了外觀奇特的硬體建築外了無新意可言，訪客人數更是節節滑落一蹶不振，前年剛開幕尚有一百四十七萬人次到訪，但去年卻只剩九十七萬人次，比開幕第一年足足少了三成多，甚至出現單日不到三百人光顧的慘狀，與台北士林故宮博物院門庭若市，甚至延長夜間開放時間的盛況比較，相差不可以道里計；行政院將撥款三十七億餘元在故宮南院增建「國寶文物修復展示館」，希望挽救故宮南院乏人問津的難堪現狀。
故宮南院從規劃階段就飽受外界質疑批評其定位與營運主軸先天不良的問題，加上建築工程糾紛頻傳導致開幕啟用時程延後，蔡政府與民進黨執政後兩岸關係降至冰點導致陸客流失，對後天失調的故宮南院營運困境來說更是雪上加霜，淪為難以收尾的大錢坑，縱使蔡政府加碼下注，仍然難以免於步向淪為蚊子館。
回溯故宮南院決策過程，某前總統以平衡台灣南北文化差距為藉口，選在人文與自然地緣條件均不佳的嘉義縣太保市興建故宮南院，藉點土成金用納稅人血汗錢炒地皮固樁，籠絡某位帶槍投靠、由藍轉綠的在地派系角頭政客，打著提升台灣南部文化水準幌子，想藉由故宮博物院金字招牌加持，吸引觀光人潮創造附加商機，罔顧博物館專業經營管理前提，早已註定將陷入進退兩難的營運困境，使地方民眾期待落空。
故宮南院才開幕兩年就已呈現門可羅雀窘態，除了周邊設施尚未完成外，政治因素作梗更難辭其咎。民進黨與蔡政府執政後，兩岸關係降至冰點，連帶使陸客來台人數驟降，大多數國外觀光客來台旅遊多半只會在台北期間停留順便前往士林故宮博物院，就算到中南部旅遊也多半會略過嘉義的南院。但對許多慕阿里山盛名前往台灣的陸客而言，若能順便安排參觀故宮南院行程並非難事，但現在陸客不來一切均屬枉然。
博物館除了管理營運外，更扮演典藏、研究、展示、社教推廣等非營利公共服務角色。當今世界各國博物館經營管理並非包山包海，館藏資源率多集中在特定主題領域。故宮博物院之所以在國際藝壇與博物館界享有盛名，正是因為它是收藏中國歷代文化藝術創作精品的寶庫。但故宮南院卻被某位揣摩上意行事、政治意識形態旗幟鮮明的前任故宮博物院院長定位成館藏主題範圍含糊籠統的「亞洲博物館」，在館藏質與量根本無法和國外同類型博物館競爭情況下，現在甚至得從外雙溪挪出部分館藏移往南院作為招徠。
再者，某些台灣南部民眾在民進黨與獨派政客學閥長期洗腦荼毒煽惑下，潛意識裡仇中反華偏見根深柢固，視中華文化為「非我族類」，自己不懂更不屑欣賞先民文化藝術創作，更對陸客心存鄙夷，遑論歡迎陸客？既然南部民眾都吝於捧場，陸客也不來，還有誰會到此一遊？行政院對故宮南院加碼下注補破網，恐怕只會使台灣多了一處浪費公帑的超大錢坑難以收場。