省主席朱紹良將軍離開福州後，中央政府如何處理後續的人事作業，《李宗仁回憶錄》提及：「湯（恩伯）便在福州發號施令，做起福建省主席來。此事的發生，行政院與總統府毫無所知，……不久，蔣先生派一祕書來穗，要閻錫山在行政院政務會議中追認此一既成事實，任命湯恩伯為福建省政府主席兼綏靖公署主任。……後來閻錫山便在行政院政務會議提名通過（按：九月十四日），做了一些追認的手續，把任命狀送至國民政府文官處來蓋印。……這張任命狀留在總統府中有六七天之久，閻院長又來疏通，才蓋印發出去。」由此看來，湯恩伯將軍的福建省主席人事案，起初李宗仁代總統有意見，但最後還是「印發」了！但查閱三十八年七月以後的《總統府公報》，並無發布湯恩伯上將為福建省主席的人事命令，研判李宗仁代總統沒有核准。因此，三十八年八月中旬以後，湯恩伯上將的官職，大部分的歷史文獻都記載為福州綏署代主任。
正當國家處危急之際，國府為了檢討軍事，以及與軍事相關聯之政治、經濟為何失敗的原因，並充實軍事力量。三十八年六月二十一日，在臺北召開「東南區軍事會議」，會中決議設置「東南軍政長官公署」。七月十八日，行政院政務會議通過此議案，七月二十三日，代總統李宗仁特派陳誠為東南軍政長官（總統府公報第二三五號）。八月十五日，臺灣省主席陳誠上將就任東南公署長官，九月一日正式辦公，轄管「臺灣及蘇、浙、閩、潮、汕等沿海區域」的軍政大計。
東南公署正式成立之後，九月八日，蔣總裁於重慶致電東南公署副長官林蔚轉長官陳誠，《蔣中正先生年譜長編》（第九冊）記載：「閩廈軍政主持人員及其名義，應速決定（與）公布，俾得負責。此時唯有派湯恩伯以副長官兼任福建省主席與綏靖主任，或由東南長官公署先派其為東南前敵總司令，再報國防部備案。究以如何為宜，望二兄洽議，決定呈請中央核委，一面即速指派其一臨時名義，及如前敵總司令之款，總須以速為要。」從電文內容來看，蔣總裁冀望由新成立的東南公署來「解套」此一人事案，讓金廈地區的最高長官湯恩伯上將能夠「名正言順」，俾可推展各項軍政要務。惟此人事案涉及中央體制，以及人事權責，查無順利成案的佐證資料。
湯恩伯將軍的人事案，當局沒有批准，名義上還是代理。三十八年十月一日，蔣總裁在其日記（未刊本），記曰：「為（湯）恩伯任閩綏署之任命，府院爭議不決，貽笑中外，此乃德鄰（李宗仁）不顧大局、不識大體之所為，不知何以善其後矣。」十月二日，蔣總裁接到湯恩伯電，以李宗仁反對其任命之聲明，致對所部無法指揮，不能再駐廈門作戰，決今日離職。此事，蔣總裁在其日記（未刊本），記曰：「湯（恩伯）正與匪拼命作戰，而為代總統者竟出此荒謬之聲明，太不顧大局。」另外，蔣經國先生在其日記也言及：「湯恩伯總司令由廈門來電，以李宗仁反對其任閩省主席之聲明，使其喪失威信，無法指揮部屬，故不能再駐廈門作戰，『決自今日遠行』云云。」人事案未獲通過，領導失去威信，仍必須忍辱負重，推展軍政要事，湯恩伯將軍的心境可以理解。
十月二十日，蔣總裁電示湯恩伯代主任：「金門萬不能再失，吾弟必須就地督戰，負責盡職，不能請辭易將也。」十月二十二日，蔣經國先生的日記特別記下：「金門島離匪軍大陸陣地，不過一衣帶水，國軍退守此地之後，父親以其對軍事和政治，均具極大意義，必須防守。因於午間急電駐守該陣地作戰之湯恩伯將軍，告以：『金門不能失，必須就地督戰，負責盡職，不能請辭易將。』此所謂『置之死地而後生也』。」蔣總裁為何發送此電文，有不同的解說，其實電文主在曉以大義，由於湯恩伯將軍的官職無法「正名」，致「喪失威信，無法指揮部屬」，但時局危急不宜臨時「換將」，蔣總裁希冀湯恩伯上將不要請辭。再者，金門地理位置甚為重要，極具戰略價值，期望湯恩伯代主任能夠督導兩兵團堅守金門全島。
綜述，湯恩伯將軍的人事案一波三折，行政院長閻錫山擬以湯恩伯將軍任福建省主席兼福州綏署主任，代總統李宗仁不同意。由於湯恩伯上將未獲得正式的官職，產生困擾，蔣總裁則一再勉其顧全大局，堅守崗位，以國事為重。湯恩伯代主任不辱使命，達成上級交付的任務。湯恩伯上將於四十三年六月二十九日逝世，國防部史政局所編寫的〈湯恩伯將軍傳〉，證言：「（湯恩伯）將軍親臨前敵，督飭李胡兩兵團，奮勇挺進，截匪增援，激戰兩晝夜，卒將該匪悉數殲俘，無一生還，……將軍與有功焉。」
功成不居的李良榮中將
三十七年起，國家的情勢日漸危殆，中央為了穩固地方政權，特命閩籍的李良榮中將主政福建省，他於是年九月由軍轉政，奉派為省政府委員兼主席。不過任期很短，不到半年的時間就離職（總統府公報第二○八號）。調職之前，一月十八日，蔣總統致電福建省主席李良榮：「今後局勢艱危，閩省政務益見繁重，吾弟長處似在帶兵作戰，而不在行政。不如用其所長，辭去主席職務，專心在閩浙督訓二、三個軍，以為他日完成革命之基礎。故閩主席，擬以老成熟練之朱紹良同志繼任，望弟竭力襄助，同心一德，建立八閩（按：福建從元代開始，就有建寧、延平、邵武、汀州、福州、德化、漳州、泉州等八府或八路，俗稱八閩）；並於新任未到以前，如常負責主持，勵所屬勿使政務停頓。」
四月十一日，李良榮將軍調任福州綏署副主任（總統府公報第二一九號）。二十二兵團舊屬鄭正言在〈李良榮先生傳略〉，述說其調整職務的經過：「三十八年一月中旬，因政局突變，閩省主席，改派朱紹良接任，先生調充福州綏靖公署副主任之職。六月間，福建吃緊，先生奉調為第二十二兵團司令官，九月，移駐金門。」由此可知，李良榮將軍是在福建情勢告急的情況下，由福州綏署副主任調任二十二兵團司令官，而後移防金門。
二十二兵團駐防金門後，李良榮將軍為了提高民心士氣，每次召開會議或與部屬談論時，無不表露其剛毅意志及與金門共存亡之決心。第十一師師長劉鼎漢將軍在其《一個軍人的歷史紀錄-劉鼎漢將軍回憶錄》，表示：「李良榮司令官防守金門職責在身，他認為金門島在軍事上是一死地，如不以死裡求生，則死無葬身之地，與敵人作戰就是拼個你死我活的殲滅戰，於是親率二十五軍沈向奎軍長到這些地方巡視，選定構築工事的位置，完成佈防。並囑加緊構築堅固之防禦掩體，堅定意志與匪決死戰。」
李良榮將軍自受命戍守金門之後，經常在海防及營地之間視察，甚至連、營級的火網編成都與各部隊長再三研究。據曾任金門要塞總台長的周書庠將軍，在〈古寧頭大捷回憶〉中，敘述：「在戰鬥準備期中，李良榮司令官以勤勞刻苦之精神，日夜奔走於金門本島之週邊，督導防務之設施，碉堡之構築，雖一射孔，一槍座，以及砲兵陣地之選擇，無不細心研究與檢定。」李良榮司令官對戰備整備工作，事必躬親，是一位負責盡職的長官，深受部屬肯定。
陳誠長官提到轉進來臺的部隊有兩大問題：「一在高級指揮機構太多，致部隊不能主動應戰；一在實力空虛，徒擁部隊番號，致軍費虛耗，士兵待遇無法提高。」又強調：「軍隊整編的目的，初不僅在收容原有官兵，而主要在針對時弊，統一部隊編制，減少指揮機構，以便靈活運用，制敵機先。」因此，東南公署成立之後，立即實施整編工作。十月十七日，也就是廈門被赤化的當天，針對進駐金門的三大主力，陳誠長官下達手令，指示執行整編工作原則：「一、令十二兵團胡（璉）司令官，該兵團部即開金門，負防衛金門之責。二、十二兵團全部到達金門後，現在金門之部隊，著由胡（璉）司令官決定，抽調回臺整訓。」由此看來，未來金門的防務部署，東南公署已規劃交由十二兵團胡璉司令官負其責。
十月二十四日（古寧頭戰役前一天），陳誠長官函李良榮將軍，囑示金門防務交接的相關事宜。與李函云：「前線辛勞，至用佩念。吾兄奉命調革命實踐研究院服務，關於金門防務，改由胡司令官璉接替負責，務希督飭所屬，嚴密交接，勿生空隙，為匪所乘為要。俟妥定後，返臺晤談為盼。」就上述信函的內容來看，在古寧頭戰役前夕，陳誠長官已決定將金門防務交由十二兵團司令官胡璉將軍統一指揮，並告知李良榮司令官於防務交接後調回臺灣。
李良榮將軍於三十八年八月中旬臨危受命，九月初到達金門後，夙夜匪懈於作戰整備及戰場經營，戰役的前一天收到「調革命實踐研究院服務」的電文，其心境可以想像，然李良榮將軍一如往常於當（十月二十四）日召開作戰會議，指示各部隊實施演習，並沒有因為即將調差而懈怠，古寧頭之戰開打後，仍率領所屬將士，擊退登陸之敵，不辱使命，充分展現軍人本色。一直到作戰結束都是克盡職守，達成保衛金門之任務，這是非常難能可貴，值得吾人敬重。
十月二十八日上午，東南公署長官陳誠將軍於金門中學大禮堂召開檢討會，第二十五軍軍長沈向奎所寫〈沈向奎筆下的金門保衛戰〉，回憶會前第二十二兵團司令官李良榮曾告訴參謀長：「須知我們這回的勝利並非倖致，我們是得力於海、空、裝甲和接防的友軍們的同心戮力，功勞是他們的，請記住！」李良榮將軍所述「接防的友軍們」，指的就是第十二兵團。李良榮將軍將古寧頭大捷之功勞歸為友軍的支援，其功成不居的風範，十二兵團司令官胡璉敘說：「最使璉感動者，厥為李良榮……。戰後不特未稍表功，且曰：『若無十二兵團之增援，則吾人的遭遇，誠有不可想像者。海島作戰，勝則滅敵，敗則被殲，吾人感激之不暇，何功之可爭？』」
東漢名將馮異將軍，為人謙讓不伐，諸將軍并坐論功，馮異卻獨自坐在樹下，其官兵尊稱他為「大樹將軍」。二十二兵團舊屬莊子卿所寫〈李良榮先生的一生〉，述說：「戰役結束後，在檢討會上，（李良榮）先生極力將功勞謙讓給友軍，其豁達大度的胸懷，時人稱為『大樹將軍』。」總之，其盡忠職守與功成不居的精神，值得吾輩敬佩。
十月二十九日，二十二兵團奉命將防務移交給十二兵團。十月三十一日，《中央日報》登載：「指揮金廈作戰之湯恩伯將軍，昨（三十）日奏凱歸來，湯氏於上午十時自金門起飛，十一時三十分正抵達松山機場。與湯氏偕行者有副總司令萬建蕃、二十二兵團司令官李良榮及……，東南軍政長官公署副長官羅卓英亦同來。」
同日，《中央日報》又轉中央社新聞：「湯氏證實金門於日前獲得空前大捷的一場惡戰後，我方陣營又已重新部署，且已不斷增援，十二兵團司令官胡璉現在坐鎮金門，負責指揮今後軍事，李良榮奉調來臺，湯氏本人也將不回金門。」由此觀之，二十二兵團在作戰結束後，撥交其部隊予十二兵團，兩兵團防務交接完成，福州綏署與二十二兵團的重要幹部皆離開金門防區，來到臺灣。
據三十八年十二月一日《正氣中華報》的報導：「當局為加強反共抗俄軍事力量，確保革命復興基地，頃決定於東南軍政長官公署所屬區域，設置臺灣、金門、定海三個防衛司令部，金門防衛司令部決就粵華部隊（按：第十二兵團的代號）擴編，人事照舊，下設辦公室及作戰、補給、政工、副官、軍法五處。聞將自十二月一日起開始擴編。」首任司令官是胡璉將軍。也就是說，李良榮將軍於十月三十日離開金門，並未接任金門防衛司令部司令官。
戰後，三十八年十二月，李良榮司令官奉派東南公署訓練團副團長，三十九年九月，調國防部參議，受聘為光復大陸設計委員會委員。四十一年獲准中將退役，年僅四十五歲。李良榮將軍退伍後，四十四年赴東南亞、東北亞考察工業，為期半年。在馬來西亞時，與福建惠安籍僑領拿督林添良研商興建水泥廠。
四十六年三月，李良榮將軍參加台灣省第三屆臨時省議會省議員選舉，高票當選，後來因欲出國考察於是年七月辭去省議員，並以啟信實業公司董事會常任監察人身分，再度前往南洋考察，歸國後著手水泥廠設廠事宜。李良榮將軍與華僑林添良合作的「馬來亞工礦股份有限公司」，位於吉隆坡的巴都急（Batu Caves），四十九年三月開始生產。
五十一年，李良榮將軍與新加坡僑領陳六使合作，在吉隆坡的怡保（Ipon）成立「大石水泥股份有限公司」，五十三年九月正式生產。後來又構想與前吉隆坡移民局局長麥查諾在吉打州對海的浮羅交怡島（Pulau Langawi），建立一座更大型的水泥廠，為了使設廠能夠順利進行，李良榮將軍於五十六年四月組團前往歐洲考察，五月二十六日返回怡保，六月二日上班途中，不幸發生車禍喪生，走完人生旅程，享壽六十歲。
鄉賢李福井的《古寧頭歲月》提及：「李良榮將軍發揮了旋乾轉坤的力量，開創了歷史新局，然而英雄無名，抑鬱以終，令人良深浩嘆！」李良榮將軍一生為國辛勞，不求名利，退役後遠赴南洋開創事業，不幸埋骨他鄉，讓人惋惜。
參戰前輩王和聲在〈金門保衛戰海上特戰〉，提到李良榮將軍「不居功、不請獎。」所以李良榮將軍不勒石建亭以歌功頌德，據了解目前在金門太武山僅有「高風亮節」碑文，是由林濟提字，金門張再興之子張國根刻石，以紀念李良榮將軍指揮金門大捷四十七週年（八十五年十月二十五日）；另同日「李良榮文教基金會」亦於附近立石碑乙座，以紀念其戰役功蹟，並期流芳萬世。
戰役指揮權問題討論
八月十七日，廈門淪陷之後，福州綏署湯恩伯代主任率部進駐金門，雖然是代主任，還是所有部隊的長官。戰前，湯恩伯將軍已接獲陳誠長官知告「金門防務改由胡司令官璉接替負責」，所以他對指揮權問題有所指示。《金門保衛戰》清楚記載：「湯（恩伯）代主任以金門情勢緊急，而胡（璉）司令官尚在臺灣，為明定事權，乃於十月二十二日，令知所屬：『所有金門部隊，在第十二兵團胡（璉）司令官未到金門，仍歸屬第二十二兵團李（良榮）司令官統一指揮，俟胡（璉）司令官到金後，再轉移指揮權』。」
當十月二十五日凌晨，金門保衛戰開打之後，為了反擊問題，有不同的意見，《金門保衛戰》記述：「當商及反擊作戰部隊時，湯（恩伯）與高（魁元）之意見，未趨一致，嗣經（第十二兵團）楊參謀長（維翰）建議：『我們共同的目標，祇求打勝仗，至於反擊細節，倒不如賦予高軍長全權負責，便於統一指揮，發揮戰力。』湯（恩伯）代主任當即同意所請，而李良榮司令官，亦認為當然。有關反擊諸問題，遂得迎刃而解。」
所謂「指揮權」是指揮官依法取得或上級賦予，使所屬官兵執行其意志，以遂行其指揮責任。再者，「指揮權轉移」也是上級長官依其權責賦予的，不是當事人可自行決定的。在反擊作戰時，將指揮權轉移給十八軍高魁元軍長，是十二兵團楊維翰參謀長建議，經過上級「湯恩伯代主任同意所請」，並不是李良榮司令官能力不行，而自己轉移的，《金門保衛戰》一書所記載可為證。
古寧頭戰役總共打了五十六小時，也就是從十月二十五日凌晨兩點到十月二十七日上午十時止。胡璉將軍於十月二十六日上午十時（作戰結束的前一天），在水頭上岸，隨即前往湖南高地前線。胡璉將軍自述：「當以責任所在，並未顧慮形式上之交接，迅即實施指揮權。」一直到戰役結束，都由胡璉將軍指揮。戰後為了「古寧頭戰役是誰指揮的」，有不同的看法：
一、福州綏署舊屬的看法
警衛團中校營長鄭遠釗所寫〈我所知道的「古寧頭大捷」〉，分析引發議論的原因：「自三十八年十月至六十六年十月的二十八年期間，並沒有人表示意見；直到六十六年十一月《傳記文學》發表了泛文之後，金門戰役才引起了爭論。」所謂「泛文」是指胡璉將軍於六十四年八月十五日所編著的《泛述古寧頭之戰》，當時並沒有對外發行。六十六年六月二十二日，胡璉將軍逝世之後，其舊屬王禹廷經過校正後，送《傳記文學》（第三十一卷第五、六期）刊登（六十六年十一、十二月）。
針對此書鄭遠釗提出四個問題，其中兩點是：「第一、金門大捷是十月二十五日，胡璉將軍是二十六日中午到的，他是不是當時的最高指揮官，事實已很明顯；第二、二十五日是主力戰，二十六日是掃蕩戰，胡璉將軍認為消滅古寧頭的殘匪，則是成功的關鍵，自難使人信服。」所以他認為「湯恩伯總司令是這一戰役的最高指揮官」。
二、第二十二兵團舊屬的謙讓
二十二兵團作戰中心情報參謀林怒潮少校在〈古寧頭一戰誰指揮的？〉，感慨的說：「金門古寧頭大捷，有人說是胡璉指揮的；也有人說是湯恩伯指揮的，但鮮有人說是當時擔任金門防衛的第二十二兵團司令官李良榮中將指揮的。在當時，胡璉沒說明，湯恩伯也沒有說明，李良榮不會說明。因為李良榮是一位典型軍人，對新聞記者從不交往。」另外，四十師師長范麟將軍的女兒范珍女士所寫〈身兼母職的父親〉，憶說：「我們從未聽父親提起以往參戰經歷，……可能是深受他敬愛的長官（二十二兵團司令官）李良榮和（二十五軍軍長）沈向奎二位將軍的影響，不願將功勳掛在嘴上。」由此看來，二十二兵團的參戰前輩及其後代，都非常的低調，不言功。
三、第十二兵團舊屬的論述
胡璉將軍的舊屬王禹廷所著《胡璉評傳》，針對「金門戰役是誰指揮的」，強調：「金門戰役的勝利，端賴作戰部隊奮勇拚鬥的成份，雖然戰前李良榮司令官的戰場經營和兵力部署，戰事初期高魁元的反擊部署，以及後期胡璉司令官的調整部署，都有極大的貢獻。」並且作出論斷：「金門戰役第一階段的最高長官是湯恩伯將軍，戰地指揮官是李良榮將軍，實際指揮作戰的是高魁元將軍；第二階段的指揮官是胡璉將軍。」嗣後，又說：「確定湯恩伯和胡璉兩位將軍，曾經先後分別指揮過這一戰役，誰都沒有『指揮整個戰役』。」
從以上三大單位舊屬代表所言，得知三位長官在世的時候，都未發生爭論之事，正如第十二兵團楊維翰參謀長所說「我們共同的目標，祇求打勝仗」。當然舊屬的論述是其個人意見的表達，筆者的看法，不能評論其孰是孰非，都應予以尊重。至於胡璉將軍對此事的看法，尤其他的風範，值得吾人效法。
胡璉將軍於五十三年十一月至六十一年十二月擔任駐越南大使，期間曾於五十七年九月特別前往馬來西亞向李良榮將軍致祭。他說：「六年前予過馬來亞怡保，曾赴良榮將軍墓獻花祭酒，默禱之餘，回憶往事，不禁脫口而出曰：『忠肝義膽，來格來享』……，其所表現之軍人武德，實不愧古人所謂：『功則相讓、敗則相拯。』」另外，他又說：「世人每以古寧頭之功，使十二兵團得享，璉則以為應勿忘李將軍也！」這是胡璉將軍對李良榮司令官的感懷之言，告知後人，不要忘記李良榮將軍在古寧頭戰役的功勳。
胡璉將軍至李良榮將軍墓前獻花乙事，李良榮將軍在馬來西亞的同事陶恒生先生，曾寫〈我所認識的李良榮將軍-金門保衛戰指揮官在南洋發展水泥工業的經過〉，憶說：「胡璉將軍任中華民國駐越南大使時，曾於民國五十七年九月訪問星馬，他於返任之前特地專程來到怡保，由我陪同前往李良榮將軍墓前獻花致敬，緬懷逝者的節操與風範，不勝悼惜之情。」胡璉將軍沒有忘記真正有功的李良榮將軍，陶恒生對其表達尊敬之意。
結語
《金門保衛戰》第五章論述國軍的優點，其中第一項是「戰略正確，戰略部署適當：能適時以第十二兵團主力由汕頭增防金門，是為古寧頭殲滅戰致勝之主因。」十二兵團先命十八軍增援，十九軍則在共軍登陸之際，適時到達戰場，使國軍打擊部隊形成局部優勢，並乘敵登陸立足未穩時，與守備部隊二十二兵團一起殲滅來犯之敵，符合《國軍教戰總則》第十二條協調合作原則，值得吾人作為未來反登陸作戰之借鏡。
當時兩兵團在福州綏署指導下，團結一致不分彼此，所以《金門保衛戰》又提及：「各部隊先後到達今門後，即歸第二十二兵團司令官李良榮統一指揮，尤其在共軍登陸之際，……授權第十八軍軍長高魁元專責指揮反擊，均為指揮統一顯例，是皆致勝主要因素。」十二兵團在關鍵時刻到達戰場，與二十二兵團之間，相互協調合作，發揮統合戰力，共同殲滅登陸之敵，這是國軍戰史中極為珍貴的一頁。
二十二兵團所屬的建制與配屬部隊，都在三十八年八、九月份進駐金門。十二兵團最早（第一梯次）前運的十八軍，於十月九日到達金門。依此推算，二十二兵團比十二兵團早一、兩個月到達金門。二十二兵團李良榮司令官祖籍福建同安，又擔任過省主席，對閩海情勢相當瞭解，膺任保衛金門後，他運用這一、兩個月的時間，率領官兵積極完成各項戰備整備。
金門的防禦工事，在李良榮將軍不眠不休的慘澹經營下，二○一師師長鄭果將軍在〈金門古寧頭大捷作戰之追述〉，肯定的說：「數日之間變成了『馬奇諾』（防線）。」所謂「真正的戰爭打在開火之前，最後的勝利取決於準備之日。」戰前，二十二兵團的戰場經營非常落實，奠定未來作戰勝利之基礎，古寧頭戰役之所以能夠大捷，不能忘記李良榮將軍與所有官兵的功勳。（下）