在我們日常生活中，不論是周遭自然環境或是食物中，微生物與我們的關係皆緊密相連、密不可分。舉個例子來說，秋季快要來臨了，當收割水稻時，可以在腐爛的根部中發現到枯草桿菌的存在（Bacillus subtilis），又比如說，前一陣子引起眾多人發燒、腹瀉的藍莓事件，在藍莓中，可以檢測到A型肝炎的存在；再來，近幾年來聞之色變、令社會大眾驚駭的法定傳染病-SARS CoV 2（新型冠狀病毒）的傳播。
不過，當談論到微生物時，首先，微生物的定義為細小、無法直接以肉眼觀察到的生物，比如：細菌、病毒、真菌、某部分寄生蟲等。細菌是一種原核生物，其大小單位為微米等級，依照其細胞壁的結構，可以大致分為革蘭氏陰性菌（Gram negative bacteria）與革蘭氏陽性菌（Gram positive bacteria），前者無肽聚醣的結構，但具有雙層脂質膜以及脂多醣的結構，對於盤尼西林類的抗生素抵抗性較差，而後者則是有後層的肽聚醣結構，通常第一線的用藥主要是抑制細胞壁合成的用藥，如：盤尼西林、頭袍菌素等。病毒則是介於生物與非生物之間，大小單位為奈米等級，中心核酸結構為DNA或是RNA，可依據有無外套膜又加以區分，比如以2019年造成全球大流行的新冠病毒為例，新冠病毒是一種冠狀病毒科的病毒，其具有外套膜以及單股的RNA，而無外套膜的病毒舉凡說A型肝炎病毒，A肝病毒隸屬於微小病毒科（Piconaviridae），與腸病毒同一科別，不具有外套膜，因此，其傳染途徑為糞口感染，而非飛沫感染。寄生蟲則是大部分無法單獨生存（少部分，如糞小桿線蟲的部分生活史可單獨生存），並且需要寄生於宿主體內來進行生存，如：蟯蟲、十二指腸鉤蟲、海獸胃線蟲又或是曾引起社會關注的「福氏奈格米阿米巴原蟲」（也具有食腦阿米巴的稱呼）。
既然上述說了這麼多病原體，或許大家可能會疑惑我們以肉身所構成的身體是否能夠抵抗外界眾多的病原體入侵？有的！基本上，我們身體共有分為三道防線，分別為第一道防線、第二道防線、第三道防線。第一道防線包含皮膜屏障、物理性防禦，舉凡說皮膚的物理性保護、眼淚中的溶菌酶、胃酸中的強酸性環境，能夠抵禦外界病原體對我們的初步入侵；而當第一道防線突破後，身體會啟動第二道防線，這時會啟動ADCC機制（抗體依賴性細胞媒介毒性作用），吸引許多巨噬細胞、吞噬細胞來吞噬病原體；而若第二道防線仍無法有效摧毀病原體時，則第三道防線會被啟動，B淋巴球會被活化，並且經由類別轉換製造不同種類的抗體，比如：IgA、IgE、IgG等，T淋巴球則分為輔助T細胞以及毒殺T細胞，前者負責執行抗原呈現的作用，將抗原片段呈現給吞噬細胞，後者則進行毒殺機制。
不過，雖看似縝密的防禦機制，但目前仍有許多的病原體對我們造成疾病與傷害，同時，也有一些細菌正在進行突變與演化機制，企圖來對抗人類所發明的各種抗生素，如：金紅色葡萄球菌會改變其盤尼西林結合蛋白2a（PBP-2a）的結構，並且使盤尼西林無效化，或是肺炎鏈球菌的盤尼西林結合蛋白2X（PBP-2X）結構改變，同樣使盤尼西林無效化，因此，也導致科學家們不斷的進行研究與發明抗生素與各種免疫療法，期待能夠使人們有足夠的武器來對抗萬惡的病原體。