主角小樹在五歲時，父母就去世了，因此，小樹由威爾斯爺爺及奶奶邦妮蜜蜂收養，和他們一起住在美國東部的查拉脊山區。爺爺教導小樹該如何傾聽樹的聲音、如何了解風的語言、如何體會鳥兒的歌唱，如何做一個優秀的印地安人。在和爺爺一起體會大自然的同時，小樹與爺爺之間的情感也日漸濃厚了。奶奶也教導小樹：「當你發現美好的事物時，所要做的第一件事，就是分享給任何你遇見的人。這樣，美好的事物才能在這個世界自由地散播開來。」因奶奶這一次的教導，小樹懂得向大家分享自己得到的美好事物及喜悅，在發現美麗的山澗、壯闊的山谷、綿長的山脈後，便約了爺爺奶奶一同觀賞。小樹的爺爺奶奶也不時由生活的瑣事中，教導他待人處事的道理及順應自然的方法。這使小樹從小就獲得了許多「大自然的智慧」。心靈，在奶奶的認知裡，分為賴以生存的肉體心靈及精神的心靈。如果一個人光用肉體心靈思考，他的行為會變得貪婪而卑賤，而精神心靈就像我們的肌肉一樣，只要常常的鍛鍊，就會越來越強壯。當我們的軀殼死亡的時候，肉體心靈會跟著死，但精神心靈卻是永遠存在的，當小樹體會到事物內在的精神心靈後，便不再純粹模仿大人的身教示範，而開始自己去嘗試，結果有好有壞：成功逃避了追捕，但卻又被騙走了辛苦的積蓄……，但這種種的磨練，皆賦予小樹無比的自信和勇氣。雖然小樹有爺爺奶奶細心的照顧，也從他們身上得到了許多智慧，但終究躲不過被送往孤兒院的命運，在經過「分離」的痛苦後，小樹決定將自己的精神心靈鍛鍊得更加強壯。後來爺爺雖然將小樹接回家了，但在那之後，爺爺也漸漸地衰老、一步步離開了小樹。最後，在一次生病中，離開了大自然的懷抱，離開了小樹，離開了奶奶，離開了人間。事後沒多久，奶奶也穿著七彩的禮服，離開了山林的懷抱，老山姆、狗兒們……，和小樹親近要好的人、物，也一一離開了。但小樹知道，無論是爺爺奶奶，還是狗兒們，都擁有著一顆強壯的精神心靈，因此，他們的來世只會更加美好。
少年小樹之歌或許就是我最喜歡得一首「歌」了吧！有時會令人捧腹大笑，但有時卻又使人黯然神傷，跟著小樹和威爾斯爺爺輕快的腳步，使我領悟了許多大自然帶來的智慧：在他們設下陷阱，捉到火雞後，小樹曾問爺爺：「為何火雞們不低下頭，不就能逃出陷阱了嗎？」，爺爺回答小樹：「老火雞就像是某種人類一樣，認為自己知道的東西多，就對周遭的事物不削一顧了，頭抬的老高，結果什麼也沒學到。」在現實生活中，或許你也曾遇到這種「火雞」，有某種人，總是不肯虛心下問，即使身在危難中，也不肯放下自己的身段，低下頭來找一找是否有那一絲轉機。萬世師表孔子，被譽為「東方蘇格拉底」、「至聖先師」，但他也曾向老子問禮、像師襄學琴，試問，若如孔子這樣的人物，都肯虛心受教，那我們又何嘗不能呢？
書裡的其中一句「當你不知道自己的目的地到底在哪兒的時候，旅程就會變成一種漫長而遙遠的期待」也帶給我極大的啟發：如果人生無法過得充實，那就只是在自己人生道路上漫無目標的信步而行，那麼可能你所過的都是度日如年的日子了。許多學生都曾經抱怨上學的時間太長了，想要早點回家，而我也曾經如此，但在找到一個目標、興趣之後，時間的步伐似乎變大了些，一下子就從我手中溜走了，「上學」也似乎沒有那麼無趣了。
這本書將大自然比擬成人，藉由小樹的帶領，走入山林，在那裡，我聽見了樹的呼吸聲、大地的心跳聲、以及動物們交談對話。在小樹述說著這個故事的同時，為我帶來了更多以前未曾知道的大自然智慧，在這背後也呼籲著人們，別再像蜜蜂一樣，總是貪取多過自己的那一份，這樣的行為只會使大自然遭到破壞，，使人與人之間友誼的橋樑遭到破壞而已。