金門地處閩南小島，祖先離鄉背井南來至馬六甲有超過二百多年的歷史，今仍能在三寶山上發現到清朝乾隆、嘉慶年間金門先人的古墓。
本會館成立於戰前，迄今已逾70載，其宗旨乃照顧同鄉福利。
創辦人為已故社會聞人吳仲坦、吳朝和暨其他先輩鄉賢。開始組織時，取名「浯江公所」，辦事處設在馬六甲市區巴剎南馬街「金泉春」店內。首任總理吳仲坦。
918中日戰爭爆發，日本侵佔金門，造成眾多金門人逃亡海外。當時馬六甲是一個與中國最早建立關係的商埠，金門人南來後，定居馬六甲的為數不少，所以為了照顧同鄉福利，組織「浯江公所」可說正合其時。
不久，日軍鐵蹄席捲馬來亞半島，馬六甲也不能幸免，「浯江公所」與其他華人社團命運一樣，陷入冬眠狀態。經過三年八個月暗無天日生活，日軍終於投降，馬來亞光復。1946年馬六甲各社團紛紛復興，展開活動，本會館也不例外。
吳仲坦先賢退任，由洪金水接任總理職，將「浯江公所」易名為「馬六甲金浯江」，會址設在「洪金水枋廊」內。不久後，又搬到吉靈街豐興巷樓上。由於沒有固定會所，所以一路來很少活動。洪金水逝世後，鄉賢梁基成、吳永仁鑒於本會需擁有一間固定會所，適逢鄉賢拿督吳忠信局紳在新路興建三層樓排屋出售，於是聯絡數位鄉賢，力邀拿督吳忠信出來領導本會。承蒙拿督吳忠信應允將他所建的三層樓排屋的一個單位，以半價售予本會館，其餘一半則向鄉親們募捐。在他登高一呼之下，鄉親們紛紛熱烈響應。事隔多年，理事會覺得原有會所狹窄，如欲發展會務，恐不敷應用，必須另行物色較大之建築物作為永久性會所。
1994年，身為主席之拿督吳忠信局紳為令長孫吳友鏗授室，除了將全部賀儀捐獻予金浯江會館外，自己另捐出6萬元，其令長郎吳梓新局紳及吳心泉遺產則各捐一萬元；加上諸鄉親所捐獻五萬多元，及將舊會所出售所得款項，馬六甲金門會館才能購置今天這座巍峨壯麗之三層樓大廈。2001年獲社團註冊局批准之新章程，正式易名為馬六甲金門會館。
本會館主席拿督吳忠信局紳逝世後由張成佳任新主席，2007年張成佳因年事已高，婉拒任主席職，吳梓新局紳眾望所歸當選主席至今。在其英明領導下，會務蒸蒸日上，會員達三百多人，同時展開各種活動，如卡拉OK歌唱組，講座會，致使本會在馬六甲華社中頗具聲望。