港主制度，是19世紀馬來亞柔佛的一種制度，柔佛貴族招攬華人到港腳（兩河之間）開墾，稱華人首領為港主。
大約在1830年代英國力量在新加坡的經濟活動，以及他們對附近海盜的征剿，嚴重的損害了柔佛王族的利益，後者眼看國內商業衰退，不但人口減少，土地呈現荒蕪狀態，此外財源出現匱乏情況，此現象便鼓勵華人前往墾荒。
西元1833年（清道光13年），柔佛-廖內王朝實際統治者天猛公達因依布拉欣（Temenggung Daeng Ibrahim,後被冊封為拉惹天猛公敦達因依布拉欣 Raja Temenggung Tun Daeng Ibrahim)創立「港主制度（Kang-Chu System）」。
當時柔佛王朝統治者召引大量華人種植者移入，掀起柔佛開墾拓荒之路，廣泛種植起甘蜜（Gambir)與胡椒。
至19世紀80年代是柔佛甘蜜種植的高峰期，當時柔佛境內種植的甘蜜運往新加坡出口，產量位居世界第一位。
柔佛港主制度創始於何時，尚待考查。根據英國殖民地官員A. E. Coope的論述，最早的一份港契是1833年發給士姑來河的港主。但這項資料恐有誤抄之處。
實際上，根據Carl A. Trocki在70年代於柔佛檔案局的資料搜索，發現檔案局裏所保有的最早一份港契，是回曆1260年1月26日，即公元1844年10月9日發給士姑來河（Sungai Sekudai）的港主Ah Chun 和Ban Seng。因此，研究學者推斷，柔佛的港主制度，應該是從這個時期開始的。
至於柔佛的第二張港契，是1844年10月22日發給港主陳開順，開發地不佬河（Sungai Tebrau）沿岸的土地，即至今仍熟知的陳厝港。
1845年4月，柔佛天猛公又連續發出了3張港契，一張是巫來由河（Sungai Melayu）的巫許後港港主，兩張是發給地南河（Sungai Tiram）的港主。
1845年6月《新加坡自由西報》首次報道了柔佛開闢種植園的消息，該報說，當時柔佛有4條河地帶開始發展種植業，種植園有62個，包括士姑來河的20個，巫來由河的12個，登加河（Sungai Danga）15個，地不佬河3個，種植人總數約有500人之眾 有證據顯示柔佛的港主都是具有秘密會社背景的華人，他們有的獨資開發，有的合股經營，大家都以自己的店號或姓氏為港名，例如在沙勞越開墾的黃乃裳亦稱之為「黃港主」。作為政府的代理人，港主必須負責處理「港腳」│即殖民區的行政和保安工作。
他們所得到的報酬是五項專利權，即（一）經營公共賭博，（二）經營當鋪，（三）販賣酒類，（四）販賣豬肉，（五）販賣鴉片。此外他們還可以抽取所有輸出的甘蜜和胡椒以及輸入米糧的佣金。港主每年只需奉納一些金錢給蘇丹，每一個港腳都有許多居民，他們大都是港主的僱員，港主通常擁有一兩艘船隻，以便向新加坡輸出土產和輸入日用品。
溫士德博士（Dr.Winsted）在著作《柔佛史》中曾經提到1970年代，華人已經在柔佛開發了19個港，10年後，新開發的港又多了一倍之上，可見柔佛的開發主要是依靠華人的勞力。