金門東半島碼頭航線配置圖。（縣府提供）

馬山港預定碼頭位置空拍圖。（縣府提供）

金門縣政府為因應逐年成長的小三通客運需求，改善水頭港在旺季的擁擠現況，並兼顧東西半島經濟發展，提出在107~108年間辦理「金門東半島多功能碼頭可行性評估」案，獲中央政策支持，歷經多次專家學者審查、現場會勘及召開地方說明會，最終選址定案於馬山西側海域。
縣府說明，因戰地歷史因素，早期金門島北端許多對外貿易口岸，不是已經荒廢，就是湮沒於火炮的塵埃中，而金門島南端仰賴太武山屏障躲避戰爭攻擊之便，對外港口也僅仰賴料羅港作為金門與臺灣船運樞紐，但隨著兩岸局勢的演變及大、小金門客貨運需要，近年來逐步完善的水頭、九宮兩港區，也正式以一港三港區(料羅、水頭、九宮)納入交通部核定的金門國內商港港區範圍。
至於未來計畫新建的馬山港，將是金門國內商港第四港區，主要任務為輔助經營小三通客、貨運，對接泉州石井港及備援未來翔安機場轉運旅客，以紓解水頭港區快速增加的旅客量，並平衡東西半島經貿發展；次要任務為提供東半島海上遊憩據點與緊急避風水域，也將納入符合多功能碼頭的使用需求，協助活絡地方經濟及促進產業轉型。
縣府強調，馬山建港計畫實現端賴縣府團隊的決心、縣政政策的延續及中央政策的支持；縣府團隊將戮力協調中央部會共同推動，絕不讓計畫案淪為口號，也請鄉親持續給予縣府團隊支持。