「通過博士論文的那一刻，我腦海浮現了八十七歲還在金門撿蚵、剝蚵、賣蚵的老母親！」
二○一○年六月七日晚九時，在指導教授高輝，口試委員陳德禹、張五岳、蔡瑋、周陽山的審視下，黃昭能以《金門在台海兩岸關係中角色之研究》論文，通過中國文化大學社會科學中山與中國大陸研究所博士學位。
二○○四至二○一○，煎熬了近七年，第一本以金門作為兩岸關係角色研究的博士論文，過程中所面臨的艱辛挑戰，跑到終點時，黃昭能想到了金門的老母親，八十七歲了，還每天堅持下海撿蚵、剝蚵、賣蚵，「我曾望著山外市場的菜販，笑對母親，妳是年紀最大的那一位，可以退休了。母親仍堅持活到老、做到老，也因為這種堅持，拉拔大黃家的九名子女。」
黃昭能，一九五二年十月八日出生於金門金沙鎮西園村，父黃定為（已過世）、母黃鄭篇，父母育有四男五女（包括兩個童養媳），四男中，昭能是老大，下有三個弟弟，昭添主任教官退休，昭贊經營臻廉事業公司，昭德任職金門酒廠。
金門的求學之路，因戰亂，黃昭能讀過三所小學，金沙國小、西園國小、官嶼國小，再進入金沙國中；一九七四年自金門高中畢業，來台先後入讀輔仁大學歷史系、政治大學東亞研究所，一九九五年以《中共海協會之角色與功能研究》論文拿到碩士學位；二○○四年再入文化大學博士班，鎖定金門，接續兩岸關係研究。
已在行政院法務部所屬單位任職三十年的黃昭能，目前亦任教於台北海洋技術學院與醒吾技術學院。身為金門子弟，踏上學術研究之路，在選定《金門在台海兩岸關係中角色之研究》博士論文題目時，嘗試以「建構主義」為研究架構，探討不同時期，國際社會如何看待台海兩岸關係，又美國期待台灣在圍堵政策中扮演何種角色，台北堅守金門的意義，及期望它扮演著甚麼樣的角色；相對地，在不同時期的國際社會及兩岸關係中，他亦探討台北為實現「反共復國」，爭取國際社會奧援，如何參與籌組國際反共組織，推動反共產主義運動，「以及在金門施加那些政治、軍事力量，形塑金門扮演甚麼樣的角色」。
論文裡，黃昭能將兩岸關係分出「大兩岸」、「中兩岸」及以金、廈為分界的「小兩岸」關係。他觀察，這三層次的兩岸關係環環相扣；證諸過去數十年的歷史，「小兩岸關係」常居於被動地位，「近期源於地理因素，金門又具有槓桿原理中支點的功能，其對未來兩岸關係發展，顯然具有指標性作用」。
自博士論文研究衍生出對金門未來發展的期待，黃昭能提出六個重點，「兩岸領導人應以建構『整個中國』思維看待兩岸關係，並正視金門在推動兩岸關係發展的正面意義」，「現階段北京、台北認同和平發展兩岸關係，具體作法請雙方以政策資源支持金門與廈門地區的互動及發展」，「兩岸必須維持和平關係，金門始有可能進一步發展，如，建設為廈金特別市，或可朝歐蘭群島自治區方向規劃」，「金門基礎建設必須強化，且規劃與廈門發展成不同且具互補功能的觀光休閒島嶼」，「爭取兩岸立法機構，立法授權金、廈兩地更方便的法源」，「以金廈名義，共同合作向聯合國申請保留『閩南文化及遺跡』」。
黃昭能以《金門在台海兩岸關係中角色之研究》取得文化大學法學博士時，想起了金門的老母親，也對五位口試委員有感而發，「金門是孕育我長成的母親，早年返鄉每當臨近這熟悉的島嶼時，不管是在船上或是在飛機上，個人常是熱淚盈眶，不能自己；因為它常使我想起家鄉所遭受的苦難，亦常使我感歎金門在中國大陸沿海數百個蕞爾小島中，過去六十年何其不幸，又何其有幸，在兩岸關係中擔負如此特殊的角色」。