金門縣政府因應流感可能的大流行，特別擬訂了準備計畫，希望藉由縣府相關單位配合動員協助，以防範疫情的發生與傳播。

金門縣政府指出，由於國際經濟活絡，加上交通的頻繁及便捷，如旅遊、貨物流通、甚至走私，均有可能將病毒帶入國內，而造成交互感染，產生新的病毒等危機。

金門縣料羅港及水頭碼頭為貨物的物流轉運中心及台灣與大陸的旅遊中轉站，為防範新型病毒造成金門縣流行，金門縣政府因此擬訂「金門縣政府因應流感大流行準備計畫」，期藉由縣府相關單位配合動員協助，以防範疫情的發生與傳播。

縣府指出，兩岸三地開放小三通後，觀光事業逐年發展，茲因大陸為多數傳染病流行地區，金門縣又位於樞紐，在SARS及其他新興傳染病流行期間，世界衛生組織對大陸通報病例數仍持保留態度，這將對鄰近島嶼帶來極大的潛在危險。由於資訊及涉外管道不暢通，致難確定掌握疫情，亟待加強禽流感、流行性感冒及其他各項新興傳染病等防治宣導工作，做好預防重於治療措施。

縣府並指出，病毒經抗原移轉而產生新型病毒，此種新型病毒在人類間，皆無抗體甚至疫苗，傳播性及造成的威脅更是無法預估，世界衛生組織更提出高度警訊，面對此空前威脅，中央已擬請各部會研商因應之道，金門縣更需成立因應小組，俾將罹病率、死亡率，甚至對縣政的衝擊降至最低。

金門縣政府表示，傳染病防治的精神在於杜絕傳染病的發生、傳染及蔓延，而流感的傳染力強、變化快速，目前尚無法有效掌控，擬訂金門縣因應計畫，透過各局室分工合作，成立有效之防護網以防範疾病的蔓延是當務之急。

至於計畫目的方面，在於適時啟動跨局室因應小組防疫會報，研商對策；嚴密監測疫情，杜絕流感發生及擴散；加強督導醫療院所院內感染控制，以防院內群聚感染事件發生；並加強民眾、禽畜業者遵行及宣導相關法規及防治觀念；以及阻止疫情蔓延及有效迅速復原；和有效管控物資與運用。

計畫策略及方法，在適時啟動跨局室因應小組會議，研商對策方面，將訂定新型流行性感冒疫情分級；並當國內發生新型流行性感冒人傳人之確定病例時，立即啟動縣府跨局室因應小組會議研商對策。並成立金門縣疫情指揮中心，會報地點在縣政府會議室，平時在衛生局一樓會議室，必要時移至衛生行政大樓三樓會議室。在嚴密監測疫情，杜絕流感發生及擴散方面，衛生局除了掌握轄區內傳染病疫情趨勢，督促各醫療院所依據疾病管制局訂定之「新型流行性感冒採檢條件、疑似病例及確定病例之定義」相關規定，及時通報及送檢疑似個案之檢體，以早期發現防止疫情發生。幼稚園、托兒所、各級學校應嚴密監測各易感染群以防止擴散，於發生群聚事件時及時通知衛生局。而查獲有自高病原性感染地區走私或偷渡入境(有禽畜時)之情形，應立即通知相關單位進行相關檢疫措施。各漁港出入作業人員監測體溫，若有篩檢出發燒者，應立即協助就醫，以排除不明原因發燒。

在加強督導醫療院所院內感染控制，以防院內群聚事件發生方面，除訂定發燒病人建議處理原則，並依據行政院衛生署訂定之院內感控查核標準，自行或配合中央感控小組不定期進行查核。同時協助行政院衛生署金門醫院為金門縣感染症收治醫院，立即規劃。

至於在加強民眾和養禽業者遵循相關法規及防治觀念方面，將針對一般民眾、自流行地區回國民眾、醫療院所服務人員、各民間團體、禽畜養殖及販售業者、各事業機構人員、旅遊業者及導遊、交通業者(包含司機)、學校師生、自主健康管理民眾的宣導。以及加強自流行地區返國人士體溫監測之實施及關懷。而禽畜場發生高病原性感染禽畜時，除訂定金門縣防範禽流感緊急因應通報流程，一旦發生場發生疫情時，並立即採檢和做相關教育宣導，同時進行養殖場清銷及撲殺作業。