針對漁民向議會陳情案，金門縣政府建設處表示，為維護漁民泊船權益，禁止102年10月11日以後新建造或轉籍之非漁業用船舶未經申請核准進入本縣漁港，前揭日期前經縣府核准或經金門區漁會客貨船泊港紀錄造冊登記有案者，應依指定之漁港區域停泊，違者依漁港法第16條及第22條核處。
建設處指出，若長時間停航未營運或積欠泊港費之客貨船，經縣府函請停止使用漁港設施並限期離港未辦理者，視同擅自占用漁港區域，將依漁港法第23條及第25條規定辦理。並由港務處應就金門港料羅、水頭、九宮等處納入小船、客貨船泊位設計以應所需。縣府並於103年5月14日以涉嫌刑法第320條第2項竊占罪及第304條第1項妨害自由罪嫌，爰依刑事訴訟法第241條規定予以告發4艘長期拒繳泊港費之閒置占用漁港區域之客貨船。將持續辦理清理作業。
至於，非漁業小船從事非准許項目活動將依小船管理規則依法移送主管機關核處，並請海巡單位加強查核小船出海使用之目的管制處理。小船非漁業主管機關職掌相關管理應回歸到核發執照部門處置。
目前水頭臨時工作船浮動碼頭已編列1千5百萬元預算委託工務處發包，目前規劃設計中預計20個船席，長80公尺、寬30公尺，以方便漁船泊靠。
縣府刻正辦理西半島新建漁港建設可行性評估發包作業，就海域地形及水文分析，若有可能將於西半島增加漁船停泊區域。小船由澎湖轉籍經洽航港局應非禁止限制轉籍之船舶。
又交通部航港局於103年2月12日召開金門小三通航道航行之客貨船絞網事件暨北碇航道航安議題協商會議決議將所縮減小三通航道規模並研商制定航道安全法以規範商船，並請海巡單位加強取締未依航道行駛之客貨船。
有關休閒漁港，縣府已於新湖等三漁港功能多元化整體規劃納入新湖漁港外泊地休閒綜合碼頭規劃以改善泊港設施。本縣公告漁港為新湖、羅厝及復國墩為應實際故將非漁港之泊地變更名稱。有關復國墩浮動碼頭預計於104年度於縣府施政預算編列施作，以維護漁民安全。
另小三通貨船未依航道行駛，可逕向海巡隊檢舉，將可比對船舶自動辨識系統（AIS）資料作為違規佐證。有關浮動碼頭已辦理規劃設計，以改善泊靠安全。本案於103年5月21日交通部航港局局長拜會時，表達相關議題，應由小船管理單位協調規劃泊區。