鑑於大陸籍抽砂船違法盜採海砂情形猖獗，此行為不僅破壞海域生態，更直接影響航道安全，甚或造成本縣海岸線倒退。為此，金門縣政府除將緝獲之抽砂船祭以重罰外（96年迄今已裁罰41件次，罰鍰金額累計新台幣陸仟萬元整），並多次函請行政院大陸委員會協調陸方相關單位，約束所屬抽砂船切勿越界進入我方海域盜採海砂，以維兩岸和諧氣氛。
　縣府建設處表示，行政院陸委會為解決上述盜採海砂問題，特於103年10月16日召開如何推動兩岸兩會協商解決「大陸於金廈海域抽砂影響金門地區自然生態環境」問題及後續推動程序以及辦理事項會議，會中決議請海基會持續透過兩岸兩會平臺，向大陸海協會表達我方對於大陸抽砂船違法抽取海砂行為之關切，並請陸方相關部門提高對本議題的重視，且積極協處解決。
　建設處指出，為提高兩岸合作加強查緝大陸抽砂船在金廈海域抽砂違法情事，行政院決定在現行兩岸海域執法主管機關「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」平臺合作聯合加強查緝之基礎上，推動以下強化執法成效之工作：1.海巡署及金門縣政府依據兩岸關係條例第80條之1、刑法及「土石採取法」等相關規定持續加強查緝，並適時將執法成效公布，讓民眾能感受到政府相關部門對此議題之重視，2.陸委會法政處會同海巡署評估，能否透過「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」平臺與陸方連繫，將大陸抽砂船盜採海砂行為列為兩岸共同打擊犯罪之重點項目。
　有關大陸抽砂船在金廈海域抽砂影響金門地區海岸線及金門國家公園自然生態保育乙節，府院高層相當重視，並已指示應列入兩岸兩會未來協商議題範疇，亦請本議題之主管機關內政部（營建署）就本協商議題涵蓋範圍、具體項目及內容等擬訂相關規劃方案送陸委會彙辦，俾於第11次兩岸兩會高層會談向大陸海協會提議納入兩會後續協商議題。
　另為有助將兩岸合作共同保育金廈海域自然生態議題列入兩岸兩會優先推動之協商議題，陸委會已商請內政部營建署利用與大陸農業部林業局等業務主管機關交流之機會，了解大陸方面對此議題之看法和相關意見。