近年來金門遊客年年突破新高，再加上現有的民宿業者經營口碑很好，所以有越來越多的遊客到金門指定一定要住民宿，因此很多地區民眾紛紛也想要申請經營民宿，但卻屢有被駁回的情形發生。也因此，金門縣政府特別提醒民眾，凡是使用執照上用途為「集合住宅」、「集村農舍」者；或「農舍民宿經營者非土地所有權人」、「違章建築」、及「建築物涉及危害公共安全之虞」者，皆無法申請民宿。
　在申請民宿經營上，縣府觀光處也列舉了數案遭駁回的案例：
案例一：A君用爸爸的「農舍」要申請民宿，因A君不是土地所有權人，違反農業發展條例「農舍應自用」規定，駁回。
案例二：B君房屋的後方加蓋鐵皮、導致防火間隔不足，有「危害公共安全之虞」者，違反建築法，駁回。
案例三：C君「農舍」的房屋使用執照上，用途為「集村農舍」者，違反民宿管理辦法駁回。
案例四：D君的房屋使用執照上，用途為「集合住宅」者，違反民宿管理辦法，駁回。
　縣府統計近一年來的資料，共接受21件民宿申請案，不過卻有10家因建管問題影響審照與發照程序，雖後來有3家補正後通過審查，不過也顯示違反建管因素是民宿申請時最容易發生的缺失。
　此外，依據民宿管理辦法，民宿是指自用住宅空間房間，以家庭副業方式經營。經營規模，以客房數5間以下，且客房總樓地板面積150平方公尺以下為原則。但位於離島地區的特色民宿，得以客房數15間以下，且客房總樓地板面積200平方公尺以下。
　民宿申請表，可上金門縣觀光旅遊網站的互動專區／檔案下載／民宿申設資料查詢http://tour.kinmen.gov.tw/chinese/download.aspx?n=10462，或逕洽縣府觀光處吳小姐，電話：082-318823轉62759。建築物問題，則逕洽建設處建管科陳先生，分機62337。農舍問題，逕洽建設處農林科張先生，分機62369。