報載，台灣禽流感疫情突破防線，擴散到東部，由台灣東部地區的失守，顯見國內禽流疫情迄今未解，有關政府部門如何啟動防疫機制，確保春節期間的禽肉供應和價格的穩定，允為當務之急。
金門因位處兩岸交流的重要樞紐，金廈旅客往來頻繁，因此，對疫情的監控也分外敏感。為防杜禽流疫情，金門縣政府目前也與廈門建立溝通管道及定期進行聯繫會報，期透過兩岸攜手的密切監控，確實做好疫情管控。
金門縣政府建設處表示，為因應禽流感疫情，該處已於今年1月14日於縣府成立跨處室之「本縣因應禽流感防治疫情指揮中心」，並分別於1月6日及1月20日假防疫所召開2次「104年度禽流感防治工作小組」工作會議，另亦由防疫所同仁參加歷次「行政院農業委員會動物疫災災害緊急應變小組會議」，以密切監控禽流感疫情。未來，仍將持續定期召開禽流感防治工作小組工作會議，以為因應。
觀光處也責成港務處(兼金門港口CIQS協調中心)密切監控禽流感疫情，與行政院衛生署金門疾管局隨時保持聯繫，目前並已和廈門五通檢疫建立聯絡管道。
衛生局也指出，有關H7N9流感疫情，國內104年截至1月28日止尚無個案；廈門市則有6例，其中1人死亡，1人康復，4人住院療養中。
此外，國內H5N2及H5N8禽流感，至今仍侷限於禽類間之傳播，並無人類被感染的案例，經疾管署比對病毒基因序列，在哺乳類動物細胞內複製力不佳，與可感染人類且致死率相當高的H7N9病毒相比，風險性相對低很多。
衛生局目前每週保持與廈門市衛生局疾控處及應急辦聯絡窗口進行電話聯繫，以取得該市最新疫情狀況，加強兩岸傳染病聯控機制。同時，為加強監測港口邊境檢疫作業，目前也嚴密監控小三通入境發燒旅客，進行後續電訪追蹤與健康監測事宜，並籲請疫區禽場相關工作人員仍應持續加強自我防護，及加強各項防疫整備工作。