遊艇申請航行金門、馬祖、澎湖與大陸地區係依據「臺灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法」第7條規定，採專案許可方式辦理，為加速申請案審查作業，交通部航港局召集相關單位共同研商，訂定「遊艇申請航行金門、馬祖、澎湖與大陸地區作業程序」，明訂申請所需文件及簡化審查流程，臺灣與大陸地區間之遊艇直航申請，則仍依現有機制辦理。
　交通部指出，申請人需檢附申請公文、航行計畫書、乘員名單及意外責任保險單、遊艇駕駛及助手名單、相關適航證書等文件向航港局提出直航申請（若為大陸籍遊艇則需另行檢附臺灣相關協會或船務代理委託書），在申請文件均備齊之情況下，航港局進行文件初審、函送相關單位審查、彙整審查意見等作業時間，原則上可縮短為18日內完成。
　為加速申請案審查作業程序，規劃以船、人分離審查原則辦理，船舶可採批次方式辦理直航申請及審查，以因應同一艘遊艇經常性辦理直航申請之情形，核發直航許可期限以相關證書效期為限（最長不超過12個月），許可期間遊艇須於欲航行前向航港局及港口管理單位提出航行及靠泊申請；人員則依內政部移民署之規定每航次進行申請及審查。
　交通部指出，透過本作業程序明訂申請所需文件及審查流程，將可縮短申請人準備時間及相關單位審查時間，加速申請案作業流程，提高行政作業效率，以符合市場需求，期能促進離島地區航運發展，並提升離島地區觀光吸引力。
交通部表示，103年國籍遊艇登記數量達1,901艘，遊艇駕照換發達4,829張，均創下歷史新高，顯示駕駛遊艇出遊的活動型態，已逐漸成為新型態旅遊活動。
　而104年交通部在既有「推動遊艇活動發展方案」的基礎下，將持續會同農委會漁業署、教育部體育署、內政部營建署及相關地方政府朝法規鬆綁、活動推廣，以及設施改善等三大面向積極推動，並規劃透過觀光年曆行銷，結合各地觀光特色與重要節慶，來帶動海上觀光旅遊風潮，擴大民眾參與遊艇活動。
　在法規鬆綁部分，交通部已於104年2月完成「商港港務管理規則」第3條有關遊艇進出商港預報規定的修正，對於未使用商港泊位且未涉及入出境管制的遊艇，進出商港可不用再比照其他船舶辦理進出港預報；另為利新造遊艇下水試，交通部請航港局在不影響航行安全前提下，將相關申請文件由9件減少至4件，並由該局作為單一申請窗口，該等措施均有效提升遊艇活動的便利性。
　交通部表示，臺灣有豐富的海洋資源，在來臺國際觀光人數屢創新高及遊艇活動日趨多元發展的前提下，遊艇觀光旅遊活動可望成為臺灣的另一項觀光特色，後續將於「推動遊艇活動發展方案」基礎上，持續與相關部會及縣市政府合作，並結合觀光遊憩與遊艇製造等產業鏈，開拓海上觀光旅行新風貌。