依據水利法規定，地下水之鑿井作業須經縣府核准並辦理水權登記，未經核准而擅行施工者，縣府得令其更改或拆除。為維護民眾權益，民眾僱工鑿井時，應找合法鑿井業者，合法之業者備有地下水鑿井業營業許可書及營利事業登記證。未依法申請設備並許可從事地下水之鑿井業務者，處新台幣五萬元以上二十五萬元以下之罰鍰。
縣府工務處表示，為保育地下水有限資源，民眾若使用動力方法抽汲地下水，應申辦地下水水權登記，若自來水管線已到達者，則以使用自來水為優先，停止使用地下水，並請自行逕封填井體。
另對於已辦理水權登記之水井，工務處說，若仍須使用應在期限屆滿三十日以前，申辦展限登記，以維護自身合法權益。有關地下水之申辦登記事宜，可電洽金門縣政府工務處(082-312751)或至縣府網站（縣府全球資訊網站\ 便民服務\檔案下載\單位:工務處\地下水、地面水水權登記申請手冊及相關表單）上參閱申請須知及下載登記表單。
此外，有鑑於今年下雨天數偏低，地下水位比去年同期下降甚多，為節省寶貴的地下水水資源，工務處說，可多利用其他水源例如利用農塘澆灌農作物、或雨水的保存作為花圃的澆灌等方式。