自去年12月中國國務院宣佈成立福建自貿區以來，係建立在海西區與平潭綜合實驗區為基礎，預計3月廈門、福建、平潭等地的推動自由貿易試驗區辦公室（自貿辦）將於3月掛牌成立。大陸規劃福建自貿區明顯針對台灣而來，正當2015年為東亞自由貿易經濟合作的關鍵年，然而在東亞區域整合趨勢下，台灣因在北京刻意精心圍堵下，除了北韓外，是亞太國家中唯一被孤立的經濟體，基於台灣業者因台灣「區域主義」困境下恐遭邊緣化影響，中國大陸方面適時在福建設立「自貿區」，提供台灣業者貨轉「自貿區」再出口，以免遭到關稅損失。
自貿區的目標在於：減少制度化成本、降低市場准入成本與促進要素流動等。目前福建自貿區主要有兩項優勢，一、複製上海自貿區，上海的運作模式都可以借鏡，二、還保有對台創新的特殊政策，主要是針對台灣而言，亦即上海自貿區可以做的福建自貿區都可以做。自貿區主要規劃除了貨物貿易進出口的封關免稅運作之外，還包括投資准入開放、服務貿易與金融自由化等，將偏重企業投資註冊地的管理政策配套等，對台部分，例如兩岸服貿協議未通過前，可優先在服務自貿區優先實施，成為兩岸ECFA先行先試區。而福建自貿區開放進程為2月25日政策公布，4月1日公布自貿區的產業定位。
根據金大國際暨大陸事務學系馬祥佑、邱垂正兩位教授利用寒假期間實際前往福建進行調研指出，成立福建自貿區主要目的是為對接台灣產業，特別是集中在「轉口貿易」與「跨境電子商務」，最具有發展潛力，其中「轉口貿易」會因東亞區域經濟整合進一步深化後，台灣遭遇更嚴重邊緣化危機，可將貨物透過鄰近福建自貿區進行轉口，可利用中國加入「區域全面經濟夥伴協議」RCEP或中國與其他國家簽署FTA的優勢，以減少關稅損失。至於「跨境電子商務」因中國封鎖台灣地區的網域，台灣難以與中國進行電子商務，但進入福建自貿區則替許多台灣業者打開大陸「跨境電子商務」的大門。
兩位教授認為福建自貿區固然主要是針對台灣長期戰略規劃而來，但對金門衝擊也不能輕忽，過去小三通人流就受福建與台灣海空運直航影響，例如大陸當局透過陸客組團赴台旅遊刻意走平潭直航台灣最為顯著，馬祖小三通陸客幾乎改走平潭而面臨停航困境。
為了發展平潭自貿區，大陸當局近期開始針對金門小三通貨運採取依法行政的正規化措施，過去金門小三通的貨運檢驗標準較為寬鬆且課稅較低，自2014年11月起對金門小三通貨運採正規化措施後，金門小三通貨運量遽降，過去可行駛大陸六個口岸如今只剩一個口岸，而專門載運台灣小商品的「台富八號」（45個集裝箱的散裝貨輪）至平潭的貨運量則明顯增加，這幾乎宣告小三通貨運優勢已經快要結束了。
面對福建自貿區對金門所帶來的衝擊，我們必須洞悉趨勢發展並未雨綢繆，期盼不久之後的兩岸官方首長會恢復在金門會談時，能夠及時針對福建自貿區的成立，好好會診一下，對金門補償方案與可能機會在哪裡？