農曆春節前，大陸武漢發生人傳人嚴重特殊傳染性肺炎疫情，1月21日金門縣疫情指揮中心三級開設，26日提升至二級開設；由衛生局進行整備防疫工作，包含掌握轄區醫療、人力資源及儲備藥物、防疫物資盤點、調度及管理，以及相關防疫人員應變小組之成立，以因應事件發生時能即時反應及處理，尤其春節假期排定相關防疫儲備人力，以備不時之需。縣長楊鎮浯並率領縣府相關業務人員，並會同疾病管制署金門辦事處、防檢局、移民署、海關等單位人員，針對小三通防疫動線與措施，進行全面性的檢視與修正，持續加強宣導非洲豬瘟的防範和「武漢肺炎」疫情加強宣導，以提高旅客及鄉親的警覺性，全力守護本縣防疫安全。
金門與大陸的地緣關係，每年小三通的人流量十分龐大，在兩岸往來部分金門可說是第一道關口，武漢肺炎疫情日漸升高，金門位於防疫第一線，因此中央與地方的防疫單位均嚴陣以待，縣府非常重視，並將「防疫視同作戰」作為最高準則。
金門衛生局針對本疾病已完成相關防疫整備作為，以提升人員對疾病之通報、照護等認知，並辦理該疫情桌上演練，強化橫向聯繫及相關收治動線之熟練度，也進行醫院實地整備之稽查，包含：動線規劃、該院之應變計畫整備、緊急調床及消毒作業與防疫物資貯備等多項，加強落實問診機制，確實詢問並記錄旅遊史、職業別、接觸史及是否群聚等資訊，及病人分流看診相關感染管制措施及通報；針對港埠及機場等發現之發燒個案，均加強疫情調查追蹤，直到個案症狀解除為止。小三通的每一道關口都非常嚴謹，幾乎碼頭能用上的宣導空間與管制空間均全部用上，藉著密集訊息來提醒旅客。所有的宣導也從旅客上船那一刻就開始提醒旅客自主檢查，小三通發燒篩檢站也有輔助儀器協助篩檢，針對攔檢的旅客，均會特別詢問武漢旅遊史，並加強衛教宣導。
疫情流行正是考驗人性的時候，民眾面對疫情一定要理性，人性背後的「恐懼」比較嚴重，對於未明的疫情，大家當然都會害怕，但是過度的恐懼卻會綁架「理性」，回顧SARS初期民眾因為恐懼而大量採購口罩囤積，病毒雖然可怕，但是人性的無知和對不可預測的疫情心生畏懼！唯有對疾病有正確的認知、配合防疫政策，勤洗手、出入公眾場所戴口罩、做好自主健康管理，才能有效戰勝病毒！