通稱「武漢肺炎」的「嚴重特殊傳染性肺炎」持續肆虐，為求高標準防疫，以維護全體縣民健康，金門縣政府決定二級開設，並於大年初二（1月26日）召開第一次疫情指揮中心會議，由楊鎮浯縣長親自主持。
疫情嚴峻，防疫優先，經評估疫情擴散狀況，縣府於防疫會議會中忍痛決定停辦「2020金門馬拉松」，楊鎮浯縣長並要求教育處作好後續「聯繫跑友、退費與相關配套措施」，隨後，在極短時間內教育處就已公布全額退費辦法，觀光處同時協調航空公司與地區旅宿業者協助跑友辦理退票退款事宜，縣府相關善後配套措施得到多數跑友的理解與支持，儘管期待已久，跑友多能共體時艱支持縣府決策。
業已公布的縣府相關停賽配套措施主要內容如下：
一、報名費與報名禮：報名費將「全額退費」，相關退費程序大會將再行聯繫跑友。
二、原登記「親自領取」報名禮之跑友，因公布停賽後，無法親自至現場領取，因此大會將於2月底前免費協助寄送報名禮（含賽衣、號碼布、贊助商小禮品）。
三、將讓今年度（2020）已報名，但因停辦無法至金門跑馬拉松的跑友，於明年度（2021）優先報名，相關細節將於2021金門馬拉松競賽規程公告。
四、原參加金門馬拉松欲退機位之跑友，請於「109年2月5日前」出示報名成功畫面或提供訂單編號及回執編號，至機場或電洽訂位中心辦理退票，縣府已協調航空公司將不收手續費並請跑友注意時效。
五、有關陪同眷屬退機位部分，也請於「109年2月5日前」出示參賽者報名成功畫面、提供訂單編號、回執編號、訂房證明或任何可證明同行之文件，至機場或電洽訂位中心辦理退票，航空公司將不收手續費，亦請跑友注意時效。
六、呼籲本縣旅宿業協助與配合，如遊客打算取消2月6日至10日訂房，請給予最大寬容，並無條件辦理退費。
邁入第十三屆的2020金門馬拉松，自2008年開辦以來已成為兩岸頗負盛名的賽會，是許多國內外跑者鎖定的目標賽事，從首屆競賽組僅有1657人到第13屆完成報名的8000人（來自16個國家選手），鄉親休閒組更備受鄉親期待，金門馬確實日益吸睛。
事實上，2020金門馬拉松已經籌備多時，相關準備工作一切就緒，在主辦單位規劃下，今年的馬拉松還做了不小的精進與調整，想必可以讓跑友與鄉親有全新的體驗並留下美好的記憶，無奈中國大陸爆發武漢肺炎，疫情兇猛，為了從嚴防疫，縣府只能忍痛宣布停賽。
停辦今年的馬拉松賽事，是典型的危機處理，據悉，針對武漢肺炎疫情發展，教育處在農曆春節前就已做過沙盤推演、預擬備案，縣府在綜整研判各項疫情資訊後，最終，為了配合、落實國家整體防疫政策，以及維護選手與鄉親健康，明快在大年初二第一次縣府防疫會議中宣布停辦。
適值疫情高峰期，馬拉松又是金門年度盛事，停辦固然帶有無奈與遺憾，兩相權衡後卻也是不得不為的決策，我們相信多數跑友與鄉親都能共體時艱，這裡除了再次提醒縣府教育處、觀光處確實做好停賽配套措施，也期許縣府相關部門規劃更為完善的2021金門馬，並針對今年未能參賽的跑友研議相關獎勵措施，鼓勵更多選手參賽，讓跑友們2020未完成的金門馬，能在2021一起圓夢。