前總統馬英九日前特別走訪32年前兩岸簽署「金門協議」的仁愛新邨現場－金門縣地政局，觀看陳列的相關歷史照片，他表示，從金門協議到兩岸三通交流，換來兩岸和平共處，對於現在兩岸完全不來往的情勢感到遺憾，並呼籲儘速恢復小三通交流，重啟兩岸對話，在距離中國最近的地方金門開始，是一個最好的做法。
台灣海峽偷渡犯在「原船遣返」或「併船遣返」政策執行下，經常發生船難意外，民國79年7月21日、8月11日連續發生了閩平漁5540及5202號意外，分別造成25人及21人的死亡，震驚了全世界。基於人道原則，由雙方紅十字會以非官方組織身分於民國79年9月11、12日，在金門簽訂司法互助協議，這是兩岸司法互助的重要開端，其中犯罪對象針對：偷渡犯、刑事犯與刑事嫌疑犯僅限於遣返互助的合作協議，不包括調查、取證、搜索與扣押等犯罪調查部分。馬英九時任陸委會副主委，由海基會秘書長陳長文代表簽署這項協議，這項協議歷史意義重大，代表兩岸可以坐下來對話，並且可以談出結果，即使雙方對於協議日期是使用「西元年」或「民國年」有不一樣的看法，但可以各自表述、解決問題，又不會傷害彼此的利益，這就是一個好的開始。這是兩岸當局第一次公開以和平方式解決問題，也是最早實踐兩岸協商「求同存異，追求雙贏」的模式。
金馬地區因為位置因素，1949年起長期處於戰場砲火第一線，直到1992年才解除戒嚴，結束軍事管制。而簽訂金門協議是戒嚴、軍管年代，卻是開啟兩岸對話的濫觴，兩岸在既有共識下交流，各自表述，營造了兩岸和解、合作的氣氛，也牽動了之後的兩岸關係良性互動，讓金門從「殺戮戰場」一步步變成「和平廣場」，換來日後的和平共處模式。政府在2001年元旦開始實施小三通，開放金門、馬祖與中國通郵、通商、通航「三通」，帶來經濟的榮景與融洽的兩岸人民交流互動，顯示穩定的兩岸關係能為人民帶來福祉。馬英九對於現在兩岸完全不來往的狀況感到不可思議，兩岸要和平一定要對話，呼籲儘速恢復小三通交流。
金門協議的基本架構、精神，對兩岸關係的互動、發展，有著不可磨滅的里程碑影響；也催生了日後我國「財團法人海峽交流基金會」與對岸「海峽兩岸關係協會」的成立，奠定了兩岸談判互動模式，以及小三通航線的基礎。馬政府上台後對金門建設的相挺，從金門大學升格、金門大橋、大陸引水的拍板定案，鄉親感受點滴在心頭，金門可以說是兩岸政策試點的根據地！
縣長楊鎮浯也認為金門「小三通」因COVID-19疫情停航近3年，觀光人數銳減，對地區產業經濟和旅遊業影響很大，有關小三通復航的防疫與交通問題，縣府都已做好準備，但復航的問題不是只有金門縣政府，還有兩岸對接的相關事務，所以越早確定才能做好相關的對接安排，也才能讓小三通復航更加順暢。有近70%的金門鄉親期盼小三通早日復航，隨著台灣國境的開放，同屬國境的金門，不應被特別的排除在外，小三通的復航，有助於緩解兩岸緊張情勢。期待中央政府能以更友善與務實的態度，來面對小三通的復航，讓金門鄉親回到正常的發展與生活。