祭桌上兩旁有一對白瓷花瓶，是台灣歐陽進祥君於清光緒十二年（西元一八八六年）在上白礁謁祖祭典時自行攜帶來敬獻保生大帝的紀念品。
正殿吳真人神龕有對聯云：「保生佑民封大帝；護國救世號真人。」在吳真人神龕左邊的龕內，陪祀有東聖侯、太上老君、張聖者等神像；在吳真人神龕右邊的龕內，陪祀有西聖侯、三將軍、先生公等神像。東聖侯和西聖侯據說是當年建築慈濟祖宮的監工欽差大臣。在中殿左右兩側，有三十六員神將，左班十八員神將為：康元帥、提大將、辛元帥、枷大將、馬龍官、江仙官、劉聖者、馬伽羅、張聖者、王舍人、李仙姑、必大將等。右班十八員神將為：趙元帥、何仙姑、楊元帥、食鬼大將、殷元帥、倒海大將、鄭元帥、縛大將、王元帥、鎖大將、王靈官、黃仙姑、連聖者、虎伽羅、肖聖者、康舍人、紀仙姑、龍大將等。
中殿的右牆上有座碑，為清朝嘉慶二十一年（西元一八一六年）所立的〈白礁祖宮重修捐題姓名緣銀碑記〉，幾乎滿牆都是。其中有一方塊刻著三個字：「坪林宮。」根據本廟（金門瓊林保護廟）顧問蘇子雲所撰〈瓊林保護廟重修誌〉一文云：「故於翌年癸未（民國九十二年）三月初七日，排除萬難，秉虔誠之心，奉神尊金身赴白礁進香（請火），祭典依古禮進行，莊嚴隆重，並獻匾一方，中題「慈濟同光」作為紀念；初十日回鑾，并設醮籌神，祈求平安。在此之間，發現白礁慈濟宮所立，清嘉慶二十一年捐緣勒石，有坪林宮認捐，而銀數闕如，因而與該宮管理委員會商議：『癸未年補捐新台幣壹拾參萬元補填之。』以了卻前輩之夙願，而免後人有所歉然，特予敘明。」（金門瓊林保護廟，原名「坪林宮」。）又在石碑上一方，也有寫著「沙美萬安堂」的捐緣。
從中殿兩邊，築有台階進入後殿。在左門外向後殿的上方，就是懸掛著金門瓊林保護廟所敬獻「慈濟同光」的匾額。近二十年來，台灣、金門各地進香團大約敬獻近百塊匾額，散掛於前殿一樓、前殿二樓、中殿和後殿，各有特色，互相輝映，為白礁慈濟祖宮生色不少。
３·後殿：
後殿正中上方有橫匾「聖德流芳」、紅布匾「聖父聖母」等。神龕內供祀吳真人父母神像，前有一神像傳說是吳真人的兄弟。在聖父聖母的神龕左邊陪祀有觀音、千手觀音、善才龍女、韋陀護法一龕，再左邊陪祀有王公、大媽婆、大使哥一龕。在聖父聖母的神龕右邊陪祀有註生娘娘，再右邊是「壽」自大石。在聖父聖母的神龕前供桌上，左右排列八小尊神像，是《封神榜》一書中的雷震子、托塔李天王、哪吒等。在後殿左壁前，陪祀「開閩王」王審知。在後殿右壁前，陪祀「護國公」，據說專管牲畜，可祈求豬肥壯平安等，有奇特的壁畫四顧眼彌勒佛。
在後殿的圓柱上，還掛有兩對木質對聯，聯云：「天香縹緲佛法道儀整肅；寶殿清靜金相扶助莊嚴。施佛法二豎斷蹤眾得安寧；展神威魔鬼絕跡民慶平安。」
總歸來說，白礁慈濟祖宮整個建築布局甚為奇特，造型雄偉。在重檐複宇、翼角翬飛之間，以名人題詞和歷史故事、山水禽獸花木為題材的石刻、木雕、壁畫、剪粘等藝術作品，星羅棋布，均屬上乘之作，形成了一座恢宏廣闊的藝術寶庫，被譽為「閩南故宮」。還有保生大帝吳真人生前製藥所用的銅釜，乃鎮宮之寶，十分珍貴。
白礁慈濟祖宮，長久以來，一直是台灣、金門同胞信眾謁祖觀光的聖地。
（二）珍貴的文物
在雙獅戲球的石刻浮雕前，我被那一只石獅印章──「國母獅」所吸引，駐足良久，它十分別緻，且意義非常重大。據記載：明成祖永樂十七年（西元一四一九年），明成祖朱棣文皇后患痼疾，朝廷中太醫久治罔效，永樂皇帝只好下詔天下，懸賞良醫以治后疾。皇榜懸帖十餘日，竟然無人來應詔，皇帝心急如焚，而皇后病情不太樂觀，身體日益消沉。
神醫吳真人知當朝文皇后犯疾嚴重，群醫無策，即顯靈化為遊方道士，揭榜詣闕就醫，經細心診治，藥到病除，十分神效，三日後痊癒。永樂皇帝大喜，要封他為「御史太醫」，他卻辭謝，即乘白鶴而飛去。後來明成祖朱棣與文皇帝派人查訪，始知吳真人早已升仙，就派欽差大臣到閩南白礁慈濟祖宮，敕封吳真人為「恩主昊天醫靈妙惠真君，萬壽無極保生大帝」。
文皇后為感救命大恩，就令京城的能工巧匠，精工雕琢一只高擎「亞」字印章的石獅，派人專程運送到白礁慈濟祖宮，意思是給神醫吳■通行天上人間的印鑑；並以為歷代相傳，永遠紀念。後來人們就把文皇后所贈送的石獅，尊稱為「國母獅」。這座石獅翻騰雄偉，威猛雄駿，形象活潑可愛，是明代雕刻名家的珍貴藝術品，這也是很珍貴的歷史文物。
（三）精美的對聯
白礁慈濟祖宮的牌樓聯、宮內楹柱聯、石柱聯、圓柱聯，精美細緻，對仗工整，意義深遠，頗切合慈濟祖宮、保生大帝的生平與事蹟，不禁再一一輯錄在一起，以供品賞玩味。茲將其牌樓聯、楹柱聯、蟠龍石柱聯、圓柱木質聯，列述如下：
牌樓正面聯：
保佑家邦神威顯赫千年祀；生成眾庶誠意聲香萬古存。大光炫燿稱大老；帝德頻施保丞民。
牌樓內面聯：
慈德廣施具有良方能佑眾；濟恩普及豈無仁術以安民。
鎮寧台疆存社稷；安維行整仰楷模。
前殿正門聯：
玉案爐峰靈秀星羅福地；龍車鳳輦旌旗雲擁行宮。
前殿右門聯：
保佑遍寰中大道仍歸仙道；生成周海內帝心即是佛心。
前殿左門聯：
五老呈精聖特鍾礁石；三台獻瑞靈光長迎神宮。
中殿（正殿）神龕聯：
保生佑民封大帝；護國救世號真人。
中殿柱聯：
聖德淵深引線提針醫國母；神庥澤溥燒丹煉藥拯生靈。
中殿柱聯：
慈心保佑生民稱大帝；濟眾護國救世吳真人。
中殿邊柱聯：
慈善施醫懷萬眾；濟危扶病救蒼生。
前殿蟠龍石柱竹葉聯：
慈心施妙法；濟眾益良方。
保我德無量；生民澤利長。
前殿蟠龍石柱聯：
妙造自然恆久而不已者道；保艾天地爾後之大德日生。
後殿圓柱木質聯：
天香縹緲佛法道儀整肅；寶殿清靜金相扶助莊嚴。
施佛法二豎斷蹤眾得安寧；展神威魔鬼絕跡民慶平安。
金門各地奉祀保生大帝的宮廟：
保生大帝吳真人自成仙升天後，屢顯神跡，拯救君后，神威顯赫，護國祐民，甚至分尊駕臨浯島或香火傳至金門，金門各地紛紛建立宮廟，祀奉保生大帝、大道公、吳真人神像。金門各地祀奉保生大帝、大道公、吳真人的宮廟，包含：金城官裡「仰雲殿」、珠山「大道宮」、北門「北鎮廟」、金湖瓊林「保護廟」、溪邊「順境宮」、小徑「鏡山岩」、金沙沙美「萬安堂」、呂厝「拱峰宮」、劉澳「奎山宮」、何厝「保安殿」、斗門「靖海堂」、西園「棲隱堂」、青嶼「金山道殿」、東珩「棲堂廟」、金寧古寧頭「保靈殿」、安岐「保安殿」、中堡「寶靈殿」、頂埔下「保安殿」、烈嶼「保生大帝廟」等。