《金門日報》創刊於民國五十四年十月三十一日，至今年滿五十周年，它與《正氣中華報》創辦時間相隔十六年，曾經是一體兩報制度，有著密切的歷史淵源關係。
民國八十一年十一月七日，金門解除戰地政務實驗體制，《正氣中華報》歸為金門防衛司令部接手發行，並改以周報形式對軍中發行，《金門日報》則改隸金門縣政府所有，為金門地區的官辦報紙，財政由縣政府支出補助，兩份報紙自此各自分開發展，結束地區軍政合一辦理報紙的時代性任務。
《正氣中華報》為《金門日報》的前身，也是一份標準的軍報。民國三十七年二月二十二日，台灣申請創刊的首家軍中報紙創刊的是《精忠報》，隸屬陸軍總部，專門提供給軍人閱讀，不對外發行。自八年抗戰勝利後，中國內地馬上陷入國共交戰的混亂場面。民國三十七年九月，由第十八軍在漢口擴編成立十二兵團，用來作為國軍剿共的主力軍，司令原為江西人黃維，副司令官為胡璉及吳紹周，當時為激勵民心、鼓舞士氣，遂於民國三十八年五月一日，在江西南昌創辦《正氣中華報》軍報，作為部隊教育訓練文宣報刊。該報在第十八軍原稱《無邪報》，後來正名為《正氣中華報》江西是共產黨蘇維埃政權的根據地，早在三○年代就有三十四種以上的報刊，其中不乏以中華命名的傳播報章刊物，尤以民國二十一年創《紅色中華報》宣傳政令最為著名，《正氣中華報》的更名有激濁揚清的意義。
民國三十八年國軍戰事屢屢失利，戰場上節節敗退，五月十三日，由原十二兵團殘部在上饒重新整編，司令官改為胡璉，副司令官為胡素，新建的十二兵團，從江西退至廣東潮汕一帶，十月奉命移防金門。民國三十八年十一月二十二日，澎湖防衛司令部合併《每日新聞》、《新聞報導》、《白沙日報》等，創辦《建國日報》。同年十一月二十三日，福建省政府遷播金門，中央任命胡璉為福建省政府主席，兼第十二兵團司令，同日《正氣中華報》隨軍從廣東潮汕遷往金門，報社印刷機器一併船運過來，最初暫寄前水頭的酉堂，三個月後遷到金城北門基督教的樓房。十一月二十五日宣布在金門復刊發行，首任社長張鳴岡，曹一帆擔任總編輯，全面由軍方管理，每日出版鉛印四開一張，只有兩版，第一版是新聞，第二版是戰友園地，以刊載中央社軍聞社和地方軍中新聞為主，發行量為五、六千份，免費供應軍民閱讀。同年十二月十九日，內容增加為四版；第一版全國性新聞，第二版教育與訓練，第三版藝文版反攻副刊，第四版地方性新聞。
三十八年十二月二十六日，國軍適應地區指揮作戰，設置金門防衛司令部為最高軍事領導單位。民國三十九年《正氣中華報》正式向內政部登記，取得合法地位。民國四十年十月報社納入金門防衛司令部編制。民國四十一年十月十日《青年戰士報》發刊，由軍報發展到對外發行，專門提供軍事消息外，還注重青年的活動訊息，最初僅在陸海空勤各級部隊機關和青年反共救國團各支隊發行，每日出版四開一張，直到四十六年元旦，才擴大為對開一大張。
民國四十五年金門、馬祖成立戰地政務委員會，民國四十六年九月三日軍人節，《馬祖日報》創刊，戰地指揮官兼發行人，首任社長為徐搏九。民國四十七年一月《正氣中華報》改隸金門戰地政務委員會。民國四十八年十月，國內的《聯合報》、《英文中國郵報》、《青年戰士報》、《青年日報》、《新生報》、《公論報》、《正氣中華報》等七家報社同時提名競選新聞獎項，《正氣中華報》脫穎而出，獲得美國南伊利諾大學和台北報業公會合作設置的新聞社會服務獎項目，頒獎當日由社長曹一帆代表出席領獎，這是對金門前線新聞媒體的莫大鼓勵。
民國五十一年金門廣播電台遷移塔后，營房撥交《正氣中華報》使用，十月十七日報社正式搬遷陳坑，即今成功現址，增加地下排版房和機器印刷房，擁有員工約九十餘人。民國五十三年十月三十一日，《正氣中華報》擴大為對開一張。
《正氣中華報》的主管多數是復興崗政治作戰新聞系背景的軍職人員出任，發行人同為金門戰地政務委員會的秘書長，社長為軍職的上校職銜，歷任的社長有張鳴岡（民國三十八年十月任）、徐羽水(民國四十五年五月任)、李介生(民國四十六年六月任)、曹一帆(民國四十七年一月任)、曾文偉(民國五十年十二月任)、謝海濤(民國五十二年八月任)、王秉權(民國五十六年八月任)、李思炎（民國五十九年七月任）、吳維和（民國六十二年五月任）、繆綸（民國六十四年九月任）、李彥博（民國六十五年十月任）、張景增（民國六十七年九月任）、劉之修（民國六十九年二月任）、明強（民國七十二年七月任）、廖戡夷（民國七十五年十一月任）。
民國五十二年，曾文偉將社長交給繼任的謝海濤之前，曾經受命要創辦金門地方性的日報，讓地區一般民眾能夠閱讀當地新聞，一度有要將《正氣中華報》易名為《金門日報》的想法，但是未能獲得上級的首肯。謝海濤最後以變更登記方式，既向內政部辦理「正氣中華報辦更為金門日報」登記，又向國防部再辦理正氣中華報，於是催生了《金門日報》的誕生，兩份報紙同時印刷發行。
《金門日報》創刊於民國五十四年十月三十一日，發行人吳寶華，社長謝海濤，由正氣中華報社兼辦，翌年擴為對開一張，有別於軍中報章，屬於地方報性質，但仍歸政務委員會管轄，歷任的社長及發行人與《正氣中華報》相同。根據民國七十三年《出版年鑑》之中華民國報業名錄，《金門日報》在新聞局登記字號為局版台報0012號，地址是金門縣浯江新莊，應是金門戰地政務委員會的地方，即清金門鎮總兵署故址，電話為2374，直到民國七十四年擴版為對開一張半報紙。
《正氣中華報》是針對防區官兵發行，以軍中新聞為主，其他諸如拾物不昧、新建營舍、育樂設施、榮團會、慶生會、教育訓練、部隊活動、工作會報、勞軍活動、模範官兵表揚、地方軍事首長指示、競賽評比等相關軍事消息，都是出自服務軍隊的宣傳，特殊的文藝副刊寫作材料，也培養出不少傑出的軍中作家。《金門日報》則以民間為對象，報導地方社會新聞，二報皆不接受訂閱也不能流通。以前防區安全檢查，報紙不能攜帶出境，郵寄包裹信件絕對不能夾帶，安檢查出需沒收處置，報禁解除之前有制定戰地保密規定辦法來管控。
民國七十六年解除戒嚴，次年隨即開放報禁，之前全國報社登記共三十一家，除《金門日報》、《馬祖日報》、《建國日報》、《精忠報》等是以當地發行為主，每天出報一張半，其餘均日出三大張。《金門日報》與《青年戰士報》、《馬祖日報》、《建國日報》、《精忠報》等，都是屬於國防部體系下的五家報社，接受軍方新聞尺度的管制。四年之後金門解除戰地政務實驗體制，《金門日報》變為金門地區唯一公營的報紙，發行人兼社長為公務人員。
金門地區的《金門日報》及全國各大圖書館館藏的《正氣中華報》都已經進行舊報紙數位化典藏作業，方便社會大眾查詢閱讀。回顧二報的創辦歷史，具有許多特殊的時代背景，歷史是過去的新聞，走過半個世紀的歲月，也成為研究地方的重要文獻資料，期待報社未來持續堅守新聞崗位，發揮服務和諧社會的力量，做好公正客觀的地方傳媒角色。