到了劉玉章接任司令官後，政治控制更為嚴格，隊員許明良先生回憶說：「九三砲戰前後時期，政治氣氛非常嚴峻。情治單位利用一些線民打探百姓的大大小小消息，有些人貪小便宜百姓成為線民，大事、小事都往上報，甚至沒有事也往上報。只要是三、五個人聚在一起聊天，就會被調去問話，「談些什麼內容」、「何人主其事」、「有那些人參與」、「做那些事」，有事實的也問，沒有事實的也問，生怕被匪諜利用；有事實的被捉去關，沒有事實根據的也先關幾天再說。那時有很多人被捉，至於有沒有事實，我們並不清楚。不過當時陳坑(成功)村有一位被捉，最近聽說他的家人獲得賠償金五百多萬。」

當時負責安全工作的徐榮祥先生回憶說：「記得我再次回到金門時，部隊正在建立安全調查保防資料，部隊每一個人，不論當官、當兵都要填寫一份基本資料，再交由隊上長官進行考核。就當時前方來說，這樣的作法的確有那個需要，於是我也建議金門做家戶調查，並要求比照軍中的制度來做。但進行了二、三個月之後，我就發現執行上有很大的偏差，因為調查人員只記壞的，不記好的，百姓發什麼牢騷，他就詳細記錄下來，也不記發牢騷的原因；坊間也傳出只要三個人聚會，就會被懷疑有匪諜的嫌疑。情況的發展和我當初的構想似乎有很大的差距，我決定將這一制度結束，於是我就通知調查人員有關的「基本資料」不用帶，但將「調查資料」全部帶來開會。開會之前，我把全部的「調查資料」集中在一起，然後一把火通通把它燒掉了。我告訴他們說：「『發牢騷有什麼了不起，你要考慮人家為什麼發牢騷嘛！』『假如這樣做下去的話，金門有一半以上的老百姓都要被槍斃了。』」

張奇才先生回憶說：「不過他(劉玉章)處理匪諜案件非常嚴苛，有匪諜嫌疑者立刻槍斃，那時負責保防安全的部門非常多，彼此爭功，那時候非常的黑暗，只要被認定思想有問題，立刻會被關起來，有許多人蒙受不白之冤，有人因而傾家蕩產，造成許多冤獄。」

︽金門同鄉鄉訊︾三十三期載傅仰土先生撰︽李九利沉冤待雪︾，內容陳述李九利匪諜案的故事。李九利民國九年出生，金門縣金寧鄉古寧頭人，未讀書不識字，又無田產，因此只好到料羅港擔任碼頭工。四十二年農曆七月某天傍晚，一家人在古寧頭北山住宅門前閒坐，兩位穿軍服男人進來後，便將他帶走。家人原本以為只是朋友相找，也就沒有在意，沒想到竟一去不回頭。多日後，仍未見返家，妻子吳甘治才發覺不妙。懷著忐忑焦慮的心吳甘治帶著孩子四處打聽、陳情，二個月後，才在后浦東門王爺宮旁的軍事法庭看守所，看到已不成人樣的夫婿。

吳甘治回憶往事，推測事發緣由。當時，北山鄰居○○與一位「傻瓜」的阿兵哥走的很近，○○有車內胎要賣給「傻瓜」，不過索價二錢金，「傻瓜」只給一錢金，○○不接受，將車內胎要了回去。隔天李九利碼頭做工返家，「傻瓜」央求李九利：「阿哥，阿哥，○○家裡人多，我不好意思去，麻煩你去他家幫我拿車胎。」李九利去拿，○○說出事件始末後，將車胎寄放於吳甘治(李九利)家，並要求傻瓜將錢補齊再拿車胎。平生從未見過車胎長相的吳甘治，頻頻詢問○○：「那是啥米碗糕？」又再表明，我厝無門(三十九年門板全被拆去做工事) ，丟掉不管噢！後來車胎被偷，○○猜測可能是「傻瓜」偷走。聽說「傻瓜」拿到車胎後，企圖以車胎漂浮至大陸投奔中共，卻在海岸被駐軍抓到，偵詢時供稱車胎係自吳甘治、李九利家中拿取的。

民國四十三年，九三砲戰於九月三日點燃，李九利則在綿延戰火中於九月十四日遭處決，死時才三十五歲。當時戰事吃緊，子彈漫天飛，連買套新的「壽衣」都沒有，即草草收埋。

金門肅奸防諜的工作並沒有停止，一直到民國五十年代，仍有許多匪諜案發生，許多校長、老師被捕入獄。