四十三年「民防總隊」更名為「金門縣民防總隊」，四十四年七月奉命設立「金門民防指揮部」。 至四十五年九月十二日正式向國防部報備成立「民防指揮部」。至四十六年十一月五日國防部頒行︿金馬地區各縣民防總隊編組辦法﹀，規定縣設總隊，金門民防組織始定名「金門縣民防總隊」。

「民防總隊」時期，全區按行政區劃分六大隊，下轄八中隊，每中隊以擔架、運輸、護路等分隊組成，金門城區另編組直屬醫、防毒、消防、汽運四個中隊。各大隊(中)隊及直屬中隊平時歸縣政府(行政公署)軍事科負責訓練和管理；戰時，烈嶼大隊歸烈嶼守備區指揮官指揮，新頭任務歸東區補給站指揮，金水中隊歸西區補給站指揮，羅湖中隊歸烈嶼補給站指揮，陳坑中隊歸五醫院指揮，直屬醫、防毒、消防、汽運四個中隊由城防指揮部指揮，其餘中隊均歸守備區指揮官視情況調配運用。

「金門縣民防總隊」(四十三年)之組織，由縣長兼任總隊長，副縣長兼任副總隊長。總隊下轄大隊，由各鄉鎮指導員兼任大隊長。全縣按行政區分設三十七個中隊，由村指導員兼任中隊長。每一中隊設擔架、運輸(人力、獸力)、防護(消防、救護、護路)及屬(含公教人員、學生、技工)等四個分隊，金城大隊另設醫汽車消防防毒等四個中隊。

「民防指揮部」(四十四年)成立，設指揮官、副指揮官各一人，分由縣長副縣長兼任；參謀主任一人，由主任秘書兼任；業務分五組，由縣府人員兼辦，下轄總隊部；總隊部設總隊長一人，由軍事科科長擔任。戰地政務實施後，總隊下轄大隊，由各鄉鎮鄉鎮長兼任大隊長。全縣按行政村里各設一中隊，由村里長兼任中隊長。每一中隊設步槍、運輸、擔架、搶修等四分隊及直屬班隊(含婦女中隊、防毒班、技工分隊)。

依︿金馬地區各縣民防總隊編組辦法﹀(四十六年)，縣設總隊，鄉鎮設大隊，村里設中隊。總隊置總隊長、副總隊長各一人，總隊附一員或二員。總隊長由縣長兼任；副總隊長，已置副縣長者由副縣長兼任，未置副縣長者由軍事科長兼任；總隊附人選由總隊長指定之。總隊業務分由政訓室及一、二、三、四科處理；直屬單位設消防、醫療、汽車等隊及自衛大(中、小)隊。總隊下轄大隊，置大隊長及副大隊長一人，分由鄉鎮長及副鄉鎮長兼任，必要時得設專任副大隊長。大隊以下各級幹部，由各級主官就各級行政單位中遴選有關現職人員兼任為原則，並得由民防隊員中遴選優秀人員充任，均報總隊核派。因而當時沿舊各村里仍設中隊，中隊長、副中隊長仍由村里長及副村里長兼任。中隊依規定下設防護、軍勤、船舶、醫療、婦女、預備等隊。

此後民防組織大體定型，只有細部略有更動。民國四十八年民防總隊名稱不變，但組織精神與主體更易，合「警政」與「民防」為一，以警察為體，民防為用， 仍由縣長兼任總隊長，警察局長擔任副隊長，設總隊附一員，由政務中隊副中隊長兼任，負責實際業務。總隊部設四科一室(政訓室)，每科設科長一，科員二；政訓室設主任一，幹事二；悉由警察局與軍事科幕僚人員及政務中隊派員編成。鄉鎮長仍兼任民防大隊長，各鄉鎮之警察所長兼任民防副大隊長(金城鎮未設警察所，由該鎮副鎮長兼)大隊之參謀主任由總幹事兼任，政訓指導員由戰地政務中隊派任。下設人事官、情報官、作戰官、後勤官，分別由戶籍幹事、警察所巡官、警衛幹事及事務員兼任。大隊直屬有船舶、婦女中隊及技工、消防分隊；船舶中隊長由經建幹事兼，負責動員船舶、騾馬，婦女中隊長由婦女幹事兼。村里為中隊，仍由村里長及副村里長分別兼任中隊長及副中隊長。下設防護、軍勤、醫療、婦女等四個分隊。