民國五十四年七月，改民防總隊為民防指揮部，由縣長兼任指揮官，另設參謀主任一人，下設人事、運輸、組訓、防諜四科及政訓室。每科設科長一，科員四；政訓設主任一，幹事二人。直屬自衛中隊長由該部第三科科長兼，醫療中隊長由衛生院院長兼，汽車中隊長由公車處兼，餘消防隊中隊長及各中隊副中隊長，政訓指導員，各分隊班長，悉由隊員中優秀隊員充任。

鄉鎮設大隊部，由鄉鎮長兼任大隊長，鄉鎮警察所長兼任副大隊長，大隊部之參謀及政訓指導員由鄉鎮公所幕僚兼，另設警衛、防毒等二班及消防、技工兩直屬分隊。村里設民防中隊，村長兼任中隊長，副村長兼任副中隊長，分隊、班之分隊長及班長，遴選隊中優秀隊員充任之。

十五、民防動員的靈魂人物

　金門的民防組織最重要的特色是行政組織與民防體系相結合。在行政組織中，副鄉鎮長、副村里長是戰地特有的組織，都是官派的，他們是民防組訓工作的實際執行者，基層的民防工作由他們來指揮領導，他們可以說是推動整個民防自衛組織最重要的基層幹部。

副鄉鎮長、副村里長早期均稱指導員。其中村指導員與民眾的日常生活關係尤為密切，他是村裡最有權力的人物，他握有生殺大權。李天平先生回憶說：「戰(古寧頭戰役)後，部隊立即指派一名村指導員來管理本村的村務，那時村指導員非常有威嚴，百姓都怕的『皮皮挫』。不久即開始編組任務隊，及齡男子時常集合點名，那時很嚴喔！遇有召集，就得去，不得遲到，更不能推辭，很硬喔！集合點名你不到，就是要打、要抓、要關，雖然每個人都蹩了整肚子的氣，但在軍管時期，誰也不敢發作。」

前縣長陳水在回憶說：「(村指導員)以前檢查公共衛生，發現你家門口沒有打掃，村指導員就有權力把你捉起來關上一個禮拜。這種事情從現在的角度來看，好像是一件不可思議的事，不過你如果認真查訪，應該還可訪到曾經被關的人。從這樣事務性的問題，金門就已經控制到這種程度了，那就不用談打戰的事情了；從今天的角度來看，我們不能說那是好的管理方式，但從當時的觀點來看，那是有效的動員方式。」

但是村指導員由於角色扮演和民眾的關係越來越緊張，最後不得不改名，張奇才先生說：「『村指導員』和民眾的關係越來越緊張，『死不完』取代『指導員』的稱呼，上級也意識到制度有必要加以改變。」

名稱更改的時間，張奇才說：「蔣中正總統在民國四十九年指示建設金門成為『三民主義的模範縣』，在這個號召之下，金門的行政體制也做了若干變革。那一年增設金瓊鄉，鄉公所設在瓊林，這時金門的鄉鎮共有七個。『村指導員』也在這個時候順勢改為『副村長』；原來的『鄉(鎮)指導員』也改為『副鄉(鎮)長』。」

不過邱仕財先生有不同的看法，他(邱仕財)回憶說：「民國四十五年我調任浦山村指導員，金門戰地政務也在那一年開始實施。村里幹部，原設有村長，村指導員；村長是名譽上的首長，但實際不管事，也沒有薪水。除村長及村指導員外，這時增設了副村長；鄉鎮公所除鄉鎮長及鄉鎮指導員外，也增設副鄉鎮長；縣府一級單位科室，增設副科長。這些副職都是政務大隊派來實習的。這時村里的行政交由副村長來處理，我們村指導則暫退居第二線，處於輔導和協助的角色。不過不到二年的時間，政務大隊的人員就調回去了，他們走了之後，村指導員全部改成副村長的職稱。」

金門實施戰地政務實施初期，國防部派出第二政務大隊常駐金門，協助推展政務。政務大隊是一支特殊部隊，由後補軍官編成，目的在實驗戰地政務，作為反攻大陸時重建地方政權，動員民力物力，支援軍事作戰。據符文敏先生回憶說：「那時的官職有二種體統，一是縣政府指派的人員，另一種是政務大隊指派的。一般副職都由政務大隊指派，例如縣府有科長、副科長，科長由縣府派任，副科長由政務大隊派出，副鄉鎮長、副大隊長也是政務大隊派出。」

根據邱仕財的說法，第二政務大隊駐在金門的時間不到二年，政務大隊的人員走了之後，村指導員全部改成副村長的職稱。依此推斷更改時間似應在八二三砲戰前後，筆者從許加壯先生收集到一份人事獎懲資料，上載八二三砲戰有功人士，這份資料「村指導員」已全改為「副村長」，顯示職稱更改的時間約略在此時。