疏遷接待工作初由大陸災胞救濟總會(簡稱救總)負責，嗣後改由福建省政府負責處理。福建省政府接到行政院的命令後，即組成「金門遷台民眾臨時輔導委員會」(簡稱輔導會)，邀請有關機關、團體共同策進推行，在內政部的指導下，辦理有關金門遷台民眾之接待工作。

疏遷的民眾中，最先疏遷的是金門中學的學生。因為中共砲擊金門後，學校無法正常上課，於是政府決定予以疏遷來台，分發台灣各學校借讀。臨時接待工作，由救總負責辦理。救總於四十七年十月八日晚派員前往高雄，會同台灣省教育廳代表及省立高雄中學王校長等，作必要之部署與準備。十日下午六時金門中學學生八九一人，教職及眷屬六十八人，乘登陸艇抵達高雄，當配備專車，運送省立高雄中學食宿。三日之內，即由教育聽將全部學生分發三十所省中就讀，並由各該校派員到高雄引領各生。

鄭慶利先生回憶說：「高中二年級結束，恰巧在暑假就發生了「八二三砲戰」，金門中學舉校遷台，無形中也幫我們解決了學籍的問題。金門高中全校師生共九百多人於十月九日在新頭上船，搭上登陸艇駛向台灣，抵達高雄時剛好是十月十日國慶日，我們初步被安置在高雄中學的教室。離開金門之前，我向姐夫借了新台幣380元，到了高雄之後，買了一些必要的生活日用品如臉盆、蚊帳、牙膏、牙刷等，攜帶來的錢幾乎要用完了。後來我們分發到屏東中學寄讀，屏中校長是一位福州人，我第一個月的伙食費都沒有辦法交了，幸好校長金樹榮私下借錢來幫我墊伙食費，我至今仍非常感激這位慈祥和靄的長者。」

金門遷台的一般民眾於十月十一、十二日等兩日，分三批抵達高雄。第一批金門民眾搭乘203號登陸艇於十一日下午三時抵達；第二批金門民眾搭乘222號登陸艇於十二日清晨三時抵達；第三批金門民眾分乘204、205、206號三艘登陸艇於十二日下午四時抵達。三批合計6509人，其中有六十二人已辦妥入境手續，逕行投靠親友外，其餘民眾均洽由第二軍團派車運至高雄市前金、大同、新興、建國等四所國民學校臨時接待中心暫住，總計有6447人。稍後，其中又有一千餘人自動投靠親友及自謀生活；接待單位一律洽請公路局及鐵路局以記帳車票贈與，分赴各地投靠親友。

十月十八日輔導會正式成立，主辦有關金門遷台民眾之各項輔導工作，負責金門遷台民眾之各項輔導工作。為求減輕高雄市之負擔，及免影響國校學生課業起見，輔導會乃採取緊急措施，商請台灣省政府協助，將四個臨時接待所之金門民眾，全部疏遷至中南部台中、彰化、雲林、嘉義、台南、高雄、屏東等七縣各鄉鎮，予以臨時安頓，其人數之分配為屏東縣456人，高雄縣721人，台南縣697人，嘉義縣826人，雲林縣825人，彰化縣803人，台中縣865人。

輔導會為使疏運工作順利進行，特於十月二十日上午假高雄市政府邀集各有關單位，商討疏運辦法，會中決定分配疏運各縣市每五十人為一組，自推組長一人領隊，以保持其家庭團聚，有鄰里儘可能不使遠離為原則，俾能相互照應；各縣市政府按分配各縣之人數酌派足夠調配之接運人員，於起程之前一日，至高雄市接運。其所需之交通工具，由四校至車站一段請高雄軍方派卡車助運，不足時由公路局派車助運；由車站至各縣，除屏東高雄二縣外一律乘火車，統由交通處派駐高雄之疏運組負責調度，並由高雄市臨時接待所先行造具分配名冊，交由各縣接運人員，而由接運人員將分配各鄉鎮名冊交與各鄉鎮接待主持人。疏運途中之膳食，不分大、小口，每人一律發給現金十元，由救總代發。疏運各縣之金門民眾於抵達後，由各縣政府負責預為洽包火車、客運汽車或卡車，分送至各鄰近鄉鎮臨時接待所，其所需費用向輔導會實報實銷。疏運日程自十月二十一日起運，至二十三日止全部運畢。

其後，接待工作改由各縣各鄉鎮負責，各縣接待所儘量利用公共場所，如集會所、中山堂等，非不得已不借用國學校，以免影響學生課業；各項公共設施，如廚房、廁所、浴室等，均視實際需要予以搭蓋修繕。