配合軍事守備區，劃為金東、金南、金中、金西、烈嶼五個行政督導區。行政督導區設主任一人，秘書一人，分由軍事守備區指揮官及政戰部主任兼任。督導區有關業務由守備區指揮部之政戰部第五科承辦。督導區設區務會議，由主任擔任主席，每月開會一次，必要時得召開臨時會議。參加人員為各督導分區兼主任、各鄉鎮長、各學校校長、各鄉鎮警察所長、各民眾服務站長、各婦女幹事等；縣級人員有黨部主委、軍事科長及民政科長出席。

督導區的設置是戰地政務制度上的一項試驗，目的在結合軍力與民力，發揮具體戰力，實際上的功能是利用軍力投入地方建設，賦予軍事守備區指揮官的責任，它存在的時間雖然不是很長，但對戰後的地方重建，及民力的培養具有重大的功效。以金西督導區為例，它是全島五大督導區中轄區最大的，下轄金寧鄉、金山鄉及金城鎮。它配合守備部隊的警備分區，設立城廂、安美、古湖、榜盤、金山五個督導區，以守備部隊指揮官任村落指揮官，村里長或資深鄰長任副指揮官，融合軍民為一體。該區訂定施政八大重點。

一、改善環境衛生：設立六個民眾疹療所，派出軍車清除垃圾，整修砲擊損毀民房，每週督導檢查環境衛生一次。二、加強村鎮建設：修建涵洞、橋樑、海堤，協助修建民房、電影院。三、協助農民耕作：協助農民收割高粱、花生等作物，代替無力農民耕作，並設立試驗農場，生產蔬菜。四、輔導國校教育：遴選優秀官兵協助金寧、金山兩大中心國校教學，修繕金寧中心國校。五、加強道路修築：轄區公路均經指派部隊分段經常保養，修建排水溝，改善排水設施。六、督導民防訓練：訓練民防隊員六千六百人，受特業訓練者有金寧盤山中隊一百名，並實施演習二次。七、輔導民政工作：第一期鄉鎮工作競賽，金寧區在督導區輔導下獲得冠軍。督導區代表縣府頒發各模範村錦旗及模範戶獎狀及獎品。八、確立地方安全：協建鄉鎮防空壕洞，可容納一萬九千餘人，並救濟代養貧苦無依老弱民眾十一人。

民國五十四年撤金山、金瓊，改金湖為鎮。迄今全縣劃為金城鎮、金寧鄉、金沙鎮、金湖鎮、烈嶼鄉等五鄉鎮，三十七行政村，一百五十七自然村。 戰地政務實施至八十一年終止，始開始軍民分治。