至於不定期檢查，總隊原則上每個月(或隔月)赴大中隊(含員工戰鬥隊)實施武器突檢一次，並作成績優劣紀錄備查，督導改進；大中隊及各員工隊，由各單位主官實施每月及每週抽查，並作紀錄。不定時檢查是自衛總隊人員配合各項視導活動，隨時抽驗各大、中隊的武器、裝備保養維修情形。吳媽福先生回憶說：「以槍枝保養來說，早期民防隊的槍枝都是發給各人帶回收藏保養，一家人有數枝槍是很普通的事，依規定總隊部每半年必須檢查裝備一次，大隊(鄉鎮公所)每三個月檢查一次，中隊(村里)每月檢查一次，村的警保幹事即是負責這項業務。民防隊員的槍枝一般都是掛在牆壁上，而一月份到五月份是金門的霧季，槍枝保養變得很重要。副村長因其他工作到府上時，可以順便要求將槍枝拿來檢查，對於保養不良者可以立刻要求改善。」

早期槍枝放在家中由個人保管，每個人擦自己的槍枝，檢查時再集合到村公所受檢，但隊員只顧為生計打拚，並未十分注意槍枝的保養，金門霧季很長，槍枝通常就掛在牆壁上，槍枝很容易生鏽，上級因此決定將槍枝集中保管，董巖山先生回憶說：「民國六十年代之前，每一個人的槍枝都是自己保養，那時槍枝也都放在家裡，遇有裝檢或出操射擊，由每一位隊員擦試乾淨後集中到各中隊檢查。但因金門多霧，把槍掛在家裡柴房，保養又未落實，造成槍枝生鏽，雖然有裝備檢查，但已經造成嚴重損害。」

集中保管的原因有多種說法，蔡福林先生回憶說：「有人槍枝帶回家保管，結果藏到自己都找不到。更聽說金沙鎮的隊員，種植一片甘蔗，甘蔗晚上時常遭竊，隊員氣不過，拿自己的槍和檢來的子彈到蔗田等候小偷，結果造成槍擊事端。上級檢討後，決定把槍枝集中到中隊部保管，由各村里設置軍械庫，軍械庫內訂製槍架，每枝槍依編號放置在架上。」

陳永財先生回憶說：「在我擔任鎮長以前，槍枝平常是由隊員保管，只有子彈是集中保管，後來台灣時常發生槍擊事件，金門地方當局有所顧慮，害怕隊員自己購買子彈，造成安全問題，所以才將槍枝和子彈全部集中保管，出操和演習時才發給每一位隊員，以杜絕安全問題發生。」

民國六十七年前後才集中在村(里)公所保管，遇有演習時才發給每一位隊員，不過每一把槍的槍托都噴有編號，每一槍枝都有固定的保管人。由縣政府撥款建造統一格式的槍架，二十枝一架，擺在軍械室加鎖，由專人保管。此後，武器保養由中隊規定時間，將隊員集合到中隊，統一集中保養，當時規定非常嚴格，三次不到，保管人即是要受到嚴厲處分。隊員各有工作，各有事業，每一個人都在為事業打拚，根本不可能有統一的時間，於是有的人就必須花錢雇人擦槍。蔡福林先生回憶說：「槍枝集中保管卻造成保養不便，因為保養時間必須統一，但隊員因職業不同，作息時間亦有異，何況可能還有不同的自然村，同一時間來做槍枝保養談何容易。於是有錢的人雇請清閒的人來擦搶，一天六百元，市區做生意人更是如此。」

集合自衛隊隊員集中保養武器，有實際上的困難。還有，金門有許多行政村是集合好幾個自然村組成的，村公所設在其中一個較大的村莊，其他村的隊員要到村公所，如果不會騎單車，步行還是有一段距離。裝備檢查每年都要檢查好多次，但自槍枝集中保管之後，統一時間保養原本就不容易，所以到了後期副村長時常利用人際關係，找部隊的阿兵哥來協助保養。許明鴻先生回憶說：「有的副村長直接和村落指揮官連繫，派部隊的士兵來幫忙擦槍，因為作戰協定，戰鬥村與村落指揮官關係密切，假如這村的槍枝檢查不及格，評比成績在後，指揮官也覺得很沒有面子，所以只要副村長提出請求，村落指揮官通常會幫忙。」

倪鳩靖先生回憶說：「其中最主要的當然是槍砲、面具的保養。每一枝槍、每一座砲、每一付面具都有保管人，每個保管人都必須負責保管的槍械裝備維持在最優狀況。每個人都要做初步的整理，村公所的幹部再做最後的加強。到了後期裝備檢查時，村里幹部還要帶頭做，裝備檢查有評比，成績不好還要受罰，我因與部隊還有一些關係，所以時常透過老同事調一些阿兵哥來協助保養。」