民國八十一年十一月七日自衛總隊正式劃下休止符，尚未移撥的人員全部集中在莒光山莊，但業務已經全部移交完畢，也無公務可辦，董巖山先生回憶說：「為安撫同仁的情緒，我就陪他們每天做運動和下棋或自我進修。剩下的同仁，大部分在八十一年的四月獲得工作的安排，小部分的人到五月份被安置，最晚的二、三人到七月份才分派完畢。」

許明鴻先生回憶說：「人員的移撥方面，總隊部職員的安置是配合地方的缺額來分配，沒有缺就在自衛總隊等候，我算是最後離開自衛總隊的少數人之一，在我離開之前，代理總隊長董巖山已經調到物資處擔任處長了。那時我們還有很多人在等候命令，董巖山還兼我們那邊的主管，他時常會回來巡視，看看我們。直到八十二年四月二十日左右，我才收到縣政府的人事命令，我的新職是縣政府法制課課長，我大約比董巖山多留了十多天。我去報到時，自衛總隊只剩下二人，一位是黃平生，一位女人事官。後來這位女人事官調到金門酒廠，黃平生因為金沙鎮代會要他去當秘書，所以他在那邊等。」

總體來說，人的安置雖然稍晚，但最後每個人都得安置，得到妥善的安排，繼續其公務生涯。自衛總隊雖然隨著戰地政務終止而裁撤，但它在歷史上是有其地位的。政府自播遷以來，兩岸的情勢非常緊張，在金門地區就曾發生「古寧頭戰役」、「大、二膽戰役」、「九三砲戰」、「八二三砲戰」、「六一七砲戰」等大大小小的戰役。在整個金門防衛戰爭中，金門自衛(民防)部隊或協助構工，或搶救傷患，或搶灘運補，或村落防禦都曾扮演重要的角色，而居間運作指揮的機構即是自衛總隊(民防總隊、民防指揮部)，所以它的重要性由此可知。

自衛總隊雖然隨著戰地政務終止而裁撤，但它對維繫民防力量是有其貢獻的，它在金門的防衛戰爭中曾經扮演重要的角色，他領導民防武力協助國軍作戰，然而更大的貢獻應該歸諸於金門的百姓，曾任副總隊長的梁振瑛先生就表示：「在整個金門的防衛戰爭中，全島及齡之男女，悉依性別、職業、技能編配任務，擔任消防、防毒、防空、救護、搶修、擔架、運輸、構工、岸勤作業、村落防禦及自衛戰鬥等任務。記得『八二三砲戰』時，我親眼目睹民防隊在敵火猛烈下搶救傷患，協助國軍維護有線電線路及馬路的暢通，最後終於取得戰爭的勝利。如果金門的老百姓不識大體，不以國家前途為重，政府就是採取再高壓的手段也沒有用，如果金門百姓採取不合作的態度，對整體戰力絕對會大打折扣，所以金門百姓對整個防衛戰爭有極大的貢獻，間接捍衛了台澎地區的安定繁榮，所以說金門百姓對國家是有極大貢獻的。」

在戒嚴時期金門可以說是全民皆兵，整個防禦作戰可以說是寸土必爭，中共如果想要打金門，就必須付出慘痛的代價。曲知平先生受訪時就表示：「在大陸作戰的經驗，部隊失掉了民眾，部隊只能死守山頭陣地，這個部隊敗亡命運是遲早的事。固守村落在戰爭中非常重要，村落失掉了，人力資源沒有了，物力資源也沒有了，只剩下幾個山頭和幾個陣地，根本無法撐多久。金門的村落由自衛部隊固守，國軍只要專心防守陣地及反擊作戰，這是中共不打金門的主要原因。」

金門民防武力嚴訓勤練，戰力一直頗受防區長官的肯定，曾任總隊長的徐榮祥先生回憶說：「記得有一次很大的演習，演習的時間計有三天兩夜，當時整個民防隊就全力配合軍方演習，司令官劉玉章在督導視察時就非常讚美民防隊的表現，可見我們的訓練還很有成效的。」 又據黃錫安先生回憶民國六十年代初，金防部朱悟隅副司令官即曾公開稱讚金門的自衛隊說：「這是我金防部的第五師。」 可以看出那時候自衛隊戰力的堅強。金門自衛隊絕不是虛有其表，而是紮實能戰的，曲知平總隊長回憶說：「記得宋心濂上將擔任司令官時，防區舉辦年度大演習，宋上將到各地視察，他視察各部隊的演習時都沒有反應，當他參觀自衛部隊固守村落逆襲演練(即當敵人突破我方陣地，自衛部隊如何抽調部隊並實施反擊)，他看完之後大為讚賞，當場頒發了五萬元的獎金，以示獎勵。宋心濂是一位很精明的將領，他的舉動足以表示金門自衛部隊的戰力絕非空穴來風。我們自衛部隊沒有辦法像國軍部隊天天可以演練，自衛部隊白天都有自己的工作，能有這樣的表現，足以證明平日訓練之嚴格，戰技之精良。」