明思宗崇禎十七年（西元1644年，歲次甲申），李自成攻陷京師，三月十九日崇禎自縊於煤山（今北京故宮後面的景山），結束明朝正朔。這一年，正好是四十五歲的盧若騰被貶謫到浙江任官後的第三年。

崇禎十三年（西元1640年）春天，盧若騰登進士，御試文華殿，來自閩地同安、已屆盛年的盧若騰，因為居住的島鄉金門長年受海上盜寇襲擾，深知百姓疾苦，對於禦敵強兵之策，胸中也早有計慮，崇禎嘉許之，授以兵部主事。甫任不久，若騰即以新進小臣上書彈劾閣臣楊嗣昌不能討賊，只圖佞佛；隔年，楊嗣昌兵敗自殺，盧若騰升為兵部武選司郎中，負責京衛武學。1642年，盧若騰又三次上書彈劾定西侯蔣惟祿，因得罪當朝權貴，被貶為浙江布政使司左參議，司管寧波、紹興巡海兵備道。當年八月，盧若騰於赴浙上任途中，依然不改其直言性格，上書糾舉朝廷內臣（太監）田國興。

在浙江三年期間，盧若騰廉潔自持、勤政愛民。當時，天下已呈亂勢，豪強紛紛，盧若騰駐守浙東寧波，加緊防備訓練。崇禎十六年（西元1643年），奉化雪竇山一帶有山賊胡乘龍盤據，自稱「天萌國大將軍」，私設年號「大猛」，後來又改成「宗貞」，意指「崇禎」去其頭、剝其皮也。胡等密謀勾結串連東陽一帶亂徒，趁機打劫。盧若騰得知後，不動聲色，找來太守陸自嶽面授計策，於當年十二月二十一日發兵包圍雪竇山，一舉剿滅山賊。盧若騰在浙東除了整飭軍務以外，與地方士子也多所往來，彼此切磋、砥礪學問，深得仕紳與學子愛戴。

甲申之變、崇禎殉國之後，盧若騰悲憤填膺，哀慟難忍，臥病長達三個月，期間先後上書七次，請求退休返回家鄉金門養病。後來，浙東百姓為感念其德，建盧公祠紀念，尊稱他為「盧菩薩」。起初，盧被合祀於當地的「蔡觀察報恩祠」內，不久，即另建「盧公祠」奉祀。祠位於浙江鄞縣東渡門，康熙年間重修，丹青壯麗，祠的額匾書寫：「德馨民社」。若騰之孫勗吾得知此事，還曾作詩記敘其事，詩有：「廉吏當年惟茹蘗，桐鄉異代尚招魂」之句；近百年後，約莫乾隆年間，該祠再度重修，當時著名的文史大家全祖望（西元1705年～1755年）親撰〈尚書前浙東兵道同安盧公祠堂碑文〉，記敘浙東（尤其鄞縣一帶）百姓對盧若騰的感念之情。

1644年年底才返回金門的盧若騰，鬱鬱難歡。當時，皇室正為皇位繼承鬥得不可開交，朝廷大臣各擁其主，互相攻訐。同年，南明福王新立，召盧若騰為僉都御史，擔任鳳陽巡撫並兼任提督，負責在江北一帶督導管理屯田聚兵、操練水師。當時，蟄伏於金門的盧若騰，眼見朝廷大政被馬士英、阮大鉞等所把持，權臣明爭暗鬥，朝綱隳壞，故未即刻赴任。在此期間，他曾經寫信給劉宗周，感慨國難當頭，文武官員卻不能同心禦敵。信中提到：

「天下有亂形，有亂根。今日文武不和；而文又與文不和，武又與武不和，此亂形也。人心之生死，分於理欲之消長盈虛，世界盡汩沒於利益之場，而絕不體認天理，此亂根也。」

敵人已經打到家門口，兄弟叔侄卻還在家裡搶著當老大。盧若騰的心境不言可喻。1645年春天，蝸居的盧若騰身體微恙。友人招呼他到金門城的寶月庵小住養病兼散心。在那兒，盧若騰寫了〈乙酉春日病中友人招憩寶月庵即席次舊韻〉一詩。詩曰：

「避病來孤寺，追隨曲徑過；寶光浮月嶼，春色到煙蘿。另久談宜劇，情深酒且多；日曛興未盡，倚聽漁人歌。」　

（為了養病躲到這寺廟，隨著彎彎曲曲小路過來；這寶月庵猶如泛著寶光漂浮在月色朦朧的小島上，春天的景色已經來到在這煙霧瀰漫、籐蘿繚繞之地。再者，聊得愈久似乎也愈來勁，深厚的情誼加上如此多的美酒；即使天色已經昏暗，但談興依然甚濃，我們斜靠著身子聆聽漁人的歌聲！）　

　　南明福王弘光元年（亦即南明唐王隆武元年或清世祖順治二年，西元1645年，歲次乙酉），對四十六歲的盧若騰而言，是一生中跌宕起伏的一年。未即刻赴任的盧若騰在家鄉金門憂心悄悄，報國情熾、日夜煎熬。初夏時，他看到了一張朝庭發佈的官報，裡頭說皇上準備御駕親征，他大為感動，終於下定決心、動身前往中都就任，中都乃明太祖朱元璋出生的臨濠府（今安徽鳳陽），洪武二年（西元1369年），太祖定為中都；七年，改為鳳陽府；十四年設置「中都留守司」。

在往中都的途中，到了大橫驛（站）這個地方，盧若騰有感而發，寫了〈乙酉孟夏將赴中都次大橫驛諸公韻〉，詩云：

「拂樹行旌高復低，溪山屈曲望中迷。妖螭翻覆頻成雨，瘦鶴清真未隱棲。率土懽傳萬乘將（閱邸報有親征之記），雄關競請一丸泥；會須迅掃烽煙絕，三徑重尋舊草萋。」

（行軍隊伍的旌旗高高低低碰觸到樹木，山裡的溪流彎彎曲曲，看起來有些迷離不清。妖魔鬼怪翻騰，頻頻降著雨，騎著細瘦仙鶴的得道高人並未隱退。到處都歡心鼓舞的盛傳著皇上將親自率領大軍到來（閱讀朝廷的官報有皇上親自督軍征討的記載），將領們爭相請命帶領少許軍隊防守險要的關口；應當很快就能掃除滿天烽火的亂象，再度尋訪舊日草木繁盛的家園。）

盧若騰以「瘦鶴清真」（得道高人）自侃，大有老驥伏櫪、懷抱千里之志。盛夏五月時，船行到了錢塘，巧遇故友田孺雋，因而在錢塘停留了幾日，原打算就近遊覽景緻優美的胥江，卻不幸傳來了南都（南京）淪陷的消息。悲傷之餘，盧若騰賦詩〈乙酉仲夏舟次錢塘邂逅田孺雋年丈周旋數日聞南都之變悲賦奉呈為別〉一首：

「邂逆胥江足勝遊，那堪忽報怒濤秋。連年國破羞青史，此日傷心易白頭。半壁撐持驚再誤，兩京剋復望同仇。定須江左夷吾出，高展中興第一籌。」

（咱們相逢的胥江本來值得好好遊歷一番，可正碰巧遇上了秋日的洶湧怒濤。數年來河山殘破，簡直讓青史蒙羞，今日傷感憂心、頭髮都白了，支撐的半壁江山驚傳又再度誤失，希望大家可以同仇敵愾收復南北兩座京城。但這恐怕得有類似江東管仲這般的賢才出現，才有望施展中興復國的大計。）

南都既已不守，盧若騰縱使壯心不已，也只能滿懷惆悵的踏上返鄉歸程。當他再度經過錢塘黯淡灘時，其鬱結晦澀的心情，直如黯淡灘一樣的暗淡。盧若騰悲憤的寫下了〈題太保廟壁〉一詩：

　 「危灘數十丈，瀉作轟雷響。舟子熟操篙，視之平如掌。涉險貴有備，此理良非廷。如何同舟者，胡越分其黨。唇舌費蜩螗，肺腸盤蛇蟒。帆檣任傾摧，棄置舵與槳。倏忽遇風濤，胥溺葬漭潒。哀哉行路難，去去將焉往。澤畔強行吟，何人共慨慷。」

（危險的黯淡灘有數十丈之長，湍急的水流聲，像雷鳴般轟轟作響。船夫熟練的使著撐船的竹竿，感覺就像行走在平地上一樣。進入危險之地，最要緊的就是要有所準備，這道理看來並非全然如此。為何同在一條船上，卻不能同舟共濟，而要議論喧騰、紛爭擾攘呢？心腸就像被蛇盤據一樣地惡毒。帆船的桅竿任它傾倒毀壞，船舵與船槳丟棄不用。突然間遇上了大風浪，都要溺斃而葬身在茫茫大海之中。可歎呀！這路如此難走，到底該往哪兒去呢？我在這河邊勉強吟唱著，有誰可以一塊兒分享這悲戚慨切的心情呀！）

中興強國之路如此崎嶇難行，北都、南都接連淪陷，盧若騰哀腸百轉、病痛加深。回到金門後的盧若騰，只得借住山寺（應是寶月庵），調理身體。七月三十日，突然有朝廷通報消息者祝雲、桂培等到山寺，通報隆武帝（唐王）授以巡撫浙東都察院右副都御史（正三品）巡撫溫州、處州、寧波、台州四地。

盧若騰以朝廷拔擢過快、唯恐自己不能勝任而貽誤國事為由以及自己身患重病的事實，上奏〈辭浙撫疏〉，懇請聖上收回成命，但是在奏疏裡又同時表明了自己對浙東巡撫一職重要性的看法，可以隱隱看出其拳拳報國之心尚未止息。

隆武帝於接獲盧若騰上疏後，批示說：「盧某因才識聲望而升任浙東巡撫，如今國家蒙受的恥辱尚未洗刷，豈是大臣可以高枕安眠的時候！希望趕快前來見我，奔赴浙東任職。趁著義兵四起，恢疆復土的時機非常寶貴，不可稍有延誤。如果才德能夠救濟蒼生百姓、功績可以維繫宗廟社稷，朕的感激回報，難道還會少嗎？不許你再推辭，更不可以再上表陳情，兵部馬上差遣官府火速通知催促就任。」

盧若騰在上疏請辭未被允准後，也就不再逃避。再者，滿虜環迫之勢日甚，容不得三番兩次書信往返。於是，盧若騰決定赴任。他於八月八日啟程前往浙東，同時上書薦請朝廷以總兵賀君堯統領靖海營水師，以時任遊擊的盧若驥扼守盤山關要害。君堯為若騰故將，若驥則是若騰的族弟，崇禎年間，若騰為官樞曹（兵部正五品武選司郎中的別稱），若驥的父親盧文宇跟若驥說：「現在天下所有關於要塞防守與兵馬錢糧調撥的大小官員的選任都是盧若騰在掌管的。」因此，要若驥到若騰為官的京師，以族弟宗親情誼，看能否謀得一職？後來若驥歷任三山（即福州）長溪裨將（副將、輔佐將領的助手），無論治理軍隊或撫恤百姓，都有不錯的名聲。

急於報國的盧若騰，日夜兼程，到了浙東，才發現事情有點麻煩。因為，時局動盪顛危，朝廷任官早已失了章法。在唐王任命盧若騰時，卻又另外任命了孫嘉績、于穎二人為浙東巡撫。盧若騰為恐事權不專，造成百姓無所適從，因此，於八月二十五日上奏〈懇請專任責成疏〉，請求朝廷於孫、于及自己三人中擇一專任。