根據陸委會的統計資料指出，去（100）年一至十月經金門水頭碼頭小三通入出境的旅客人數超過120萬人，僅次於經桃園機場兩岸直航的入出境人數，而比第三名的松山機場，則足足高出了兩成之多，已成為兩岸人民往來的重要路徑。回顧小三通開辦之初，限制極多，大多數國人均不看好，能發展至今天的規模，誠屬不易，未來如何確保小三通的永續經營，是值得我們深思的課題。
小三通的優勢在於票價低廉，加上臺金航點遍佈臺灣西半部大城，班次多，選擇性佳，若從旅客出門到機場的時間起算，臺灣某些地區旅客取道直航所需時間，反而比走小三通還要多，即使真有節約，也極為有限。簡言之，大、小三通針對不同區域顧客提供了相對的方便性，兩者的客層並不相同，少有相互取代的問題，這就是兩岸直航雖已行之有年，但小三通卻依然盛行不衰的原因。而依照目前的態勢觀察，小三通仍存在極大的發展空間，理由是大三通航班的使用空域已接近飽和，未來除非開放台灣海峽空域，否則難以滿足需求，而開放台灣海峽空域，有國安上的隱憂，馬政府已多次拒絕大陸的提議，所以未來兩岸日益增多的旅客，勢必有相當的比例轉而取道小三通，終將反應於航班的增加與航線的擴充上，由日前金門所展開的小三通夜航演練，便可見其端倪。
再據民航局的統計資料，去年一至十月，金門機場的旅客人數為187萬人，規模僅次於桃園、松山及高雄機場，排名全國第四，若以金機過去三年旅客的平均成長率推估，金機將在六年後達到雄機現有規模，九年後達到松機現有規模，接下來金機所要思考者，便是相關的公共建設是否能滿足日益成長的旅客需求？其中是否興建機港之間的輕運量捷運系統，恐怕是下階段必須思考的政策選項，目前不論是雄機或松機，均建有捷運系統相接，然而金門機場與水頭碼頭之間，卻連直達的公車都沒有，而這條路線現在每天平均有4000人絡繹於途，乘客不可謂不多，卻因機港之間缺乏公共輸具，使得大部份小三通旅客必須仰賴「一條龍」式的接送服務，小三通的過境角色因而更為突顯，加上旅客被隔絕於金門的大眾市場之外，對於金門觀光產業之貢獻也十分有限。
在自由競爭的時代，任何經濟體無可避免都必須接受來自四方的挑戰，故步自封，墨守成規者，終將難逃被淘汰的命運。現階段大、小三通雖各擁客層，但並不表示此一結構可以恆久不變，更何況還有平潭海運的虎視眈眈。在玉兔云終，金龍騰起之際，至盼金門小三通能以前瞻的思維、創新的作法及精確的投資，確保此一路徑得以龍行萬里，永存不廢。