金門（Quemoy）做為一個區域文化的載體，是人文社會研究領域非常重要的學術課題。複雜的歷史轉折與特殊的地緣位置，使得這座島嶼群在閩南區域史、臺灣史、東亞史、世界史中均具有獨特的地位。
要討論金門研究的價值，首先需要重新思索方法論的問題。地域研究如何擺脫自言自語、自我凝視的「見樹不見林」窠臼，而能放到地理尺度與歷史脈絡下去理解，形成不同地域社會相互比較的基礎，或者關注地域史如何與區域史、國族史、全球史相互連結或相互作用，以及思考地方社會如何回應與轉化巨觀歷史的過程，或許才有機會出現新的發問方式與理論視野，並幫助我們描繪不同的地方社會面貌。
作為一個地方，近五百年來，金門從來不是封閉的島嶼，跨境流動已經是一種地方傳統，尤其是近代華僑。第一代、第二代的他們，絕大多數是「僑居社群」（sojourning communities）的性質，盡可能地維持散居家族的共同體運作。亦即，地理上的散居、經濟上的夥同及網絡關係上的連結。我的僑鄉研究取向正在於關注19世紀中葉以降，在東亞尺度流動、持續跨界的金門僑民，其資本如何累積與運用，在海外如何重建鄉土，並且對僑鄉社會產生何種影響力，並促成了一種混雜現代性之物質文明的想像、傳播與在地化。僑鄉社會一度建立了一種接近西方公共領域與公民社會的雛形運作模式，只不過這些過程是由華僑外部網絡所促成，而非社會內部發展的結果；但人員、物質、思想的跨境流動，使得僑鄉社會具有一種歷史上少有的開放性。換言之，華僑家族及其村落是一種跨越地理疆界的社群，挑戰了西方漢學的宗族內部運作概念，也質疑了地理學先驗式存在的傳統領域之村落研究，具有反思理論的價值。
再者，金門是研究國家與地方社會互動的重要田野。在長達43年的軍事統治，金門創造了一種被美國哈佛大學教授宋怡明（Michael Szonyi）所稱的「軍事化的烏托邦現代主義」（militarized utopian modernism）─以三民主義模範縣為目標之前線基地經營。同時，從社會史的角度亦存在著一個深刻的理論問題。亦即，歷經戰爭的恐懼及威脅、高壓的軍事治理、甚至是白色恐怖迫害的前線居民，究竟是如何看待自己的幽暗歷史（dark history），以及如何繼承、敘述或再現這些歷史遺產？什麼樣的集體記憶選擇遺忘，什麼樣的集體記憶會被重新編寫？這些均是「後戰地」金門所需的歷史反省，以及值得深化的學術課題。
最後，我們或許該這樣問：「金門學」如何成為一門有效的、被認可的學科（effective and qualified disciplinary）？今日臺灣這個政治共同體是在世界冷戰國際局勢所形成，而1949年的金門古寧頭戰役、1954年的九三砲戰（第一次臺海危機）、1958年的八二三砲戰（第二次臺海危機）等，更是組成這個政治共同體的關鍵歷史事件。事實上，殖民史之外的臺灣現代史（modern history），金門不應該被忽略。金門、馬祖的戰地歷史，不僅是當地人的生活經驗，也是大量臺灣服役青年的共同記憶。解決臺灣認同危機、凝聚臺灣共同體意識，可以從金門、馬祖開始。也就是說，通過金門研究，這個反身性的角色（reflexive role），可以豐富臺灣研究的廣度與深度，也能為臺灣社會的轉型正義提供貢獻，當然也可為世界史及其人文社會研究提供一個經典的案例研究。