洪旭字念衷，號九峰，世居金門的后豐港，族親同爨和睦相處。洪旭一生戎馬事鄭成功父子三人，隆武年間起兵抗清，投效鄭芝龍手下，鄭芝龍降清，洪旭不改志節，力從鄭成功反清復明大業。
福建省東山縣古稱銅山，2000年在冬古灣發現一艘鄭成功的古戰船，專程前往查看調研並蒐集相關資料。清順治11年（1654年）鄭成功委洪旭先到銅山撥船、配兵、議糧。在此之前，洪旭已經多次來到銅山經營地方，銅山石室內尚保留有一方落款永曆6年（1652年）的碑記《仙嶠記言》鐫刻有洪旭、盧若騰等43人的名字，內容記載當時在洪旭的倡導下，捐資300兩白銀修建屯兵所在的水寨大山、觀音堂等名勝古蹟的事情。
順治15年（1658年）5月13日，鄭成功率大軍北伐，命洪旭為兵官、鄭泰為戶官，留守廈門、金門為根據地。洪旭曾經掌管過海外貿易的鄭氏船隊，經常出入廈門的碼頭稱為洪本部渡頭，是紀念其修築而命名，府邸也在附近；現今廈門市的洪本部巷還保留一方乾隆40年（1701年）立的《重修洪本部渡頭碑記》內容記載洪旭其人其事。
順治18年（1661年）3月，鄭成功率軍隊25000人，由右武衛等13個鎮組成，自金門料羅出發，準備東征台灣。洪旭等佐世子鄭經守廈門，其弟澎湖遊擊洪暄率軍550名從征。後來洪旭因留守有功，被升為中提督，又封為太子太師、忠振伯。
康熙2年（1663年）金廈兩島初破，軍眾受招撫者，多加官晉爵；雖時勢不可力挽狂瀾，洪旭獨以20舟，擁鄭經東歸台灣，繼續為明室效忠獻誠。
洪旭知此時沿海諸島難以長期據守，奏請鄭經退防台灣，再圖後路；鄭經採納他的看法，引軍東渡。到澎湖時，洪旭巡視各島防務，在媽宮建壘，命重將駐守，以絕後患。
康熙4年（1665年）施琅奏請清廷攻復台灣，鄭經召集諸將謀商對策，洪旭建言曰：「澎湖為東寧門戶，無澎湖則無東寧。今宜在安平建築砲臺，以十艘砲船守鹿耳港，再派良將一員鎮守澎湖，這般嚴軍固壘，敵軍便難以攻渡。」鄭經依洪旭的策略，施琅調兵攻台不克，為清廷召返北京待命。洪旭極度重視邊防的做法，甚至讓其子洪磊監督水師，與鄭耀基同鎮守澎湖，並時時提醒鄭經莫忘武備，當訓勉將士勤加操練，以待清軍出兵侵犯。
康熙8年（1669年）洪旭感染寒疾，復因積勞日久，終不治身亡，鄭經痛失元老，親臨治喪事宜，授其子磊為吏官、兼理戶官事務。
康熙13年（1674年）耿精忠據福建反清，令人入台結援，兵備給餉仰賴東寧，洪旭子洪磊承父志助餉銀10萬兩，提振士氣。
清廷平台後，康熙賜洪旭後人，可以從台南運棺回金門安葬。洪旭以百姓從軍，始終效命明主，應是南明風雲時代，鄭軍中不可多得的輔政良臣、安邦衛國大將。