從田野調查中發現，在19世紀中葉至20世紀初，南渡菲律賓群島的金門人主要集中棉蘭佬（Mindanao，民答那峨島）的依里岸（Iligan）及駕牙鄢（Cagayan de Oro）。棉蘭佬島位於菲律賓群島南端，相對於北部的呂宋島及中部米沙鄢群島，較少颱風侵襲，有利農業生產，包括玉蜀黍、鳳梨、香蕉、麻、木材、漁產等農漁資源十分豐富，也有黃金等礦產。棉蘭佬北部的依里岸及駕牙鄢是水陸交會之城鎮，農漁產品匯集於此，再北運到宿務、馬尼拉等地之貿易，相當興盛。當時，馬尼拉主要是晉江人的天下，金門人、同安人、廈門禾山人，以及一小部分的廣府人往南部尋找謀生之路，依里岸與駕牙鄢成為落腳之處；之後米沙鄢群島的首府宿務（Cebu）也聚集了不少經營碾米輾麥的金門商人家族。
由於金門人主要集中於宿務、依里岸等菲島中南部地區，所以第一個鄉團會館並非成立於馬尼拉，而是在宿務。目前已知最早菲律賓金門人的鄉團會館是「菲律濱南島金門同鄉會」。成立於民國36年（1947年，一說1952年），是邑僑林策勳、張振文、蔡永泮（俱後浦人）、薛春樹（珠山人）、黃天漳（官澳人）、許水吉（湖南人）、李增樵（古寧頭人）、薛永昭（珠山人）等發起的組織。首任會長林策勳，繼任者李增填、莊溫秋、楊永浪、黃天漳、蔡永成等人。會址成立於中部大城宿務。後更名為「菲律賓宿務金門同鄉會」（更名時間不詳），在1958年八二三砲戰之際，莊溫秋曾以菲律賓宿務金門同鄉會之名，發動支援前方軍民運動，經募集首批捐款港幣一萬五千元，支援前線家鄉。
到了1985年，一個以全菲為主的「菲律濱金門同鄉會」於馬尼拉成立，由林克山（Jose O. Lim，1924-2017）倡議組織，並任首任會長。目前在會所中藏有一塊1991年的碑記「菲律濱金門同鄉會簡史」，裡面記載著菲律賓金門同鄉會的成立緣由及捐款者、金額。這塊碑記這樣記載：
「吾金蕞爾小島地處中國東南海中與廈鼓一衣帶水為東西方交通要衝。開風氣之先蓋金門地小人稠幾百年來鄉人往南洋謀生者日眾以菲律賓移民條例嚴格故，故而來菲者較少。殆『七七』抗戰軍興家鄉淪陷。旅菲鄉僑之眷屬，受惠於菲總統計順特准中國難民來菲避難，得以南渡團聚，是以子孫蕃衍為聯絡鄉誼，俾能團結互助，群策群力屢有組織同鄉會之念幾經游說，未見有成。俟至一九八五年四月十五四，金門青年文化訪問團蒞菲，為招待桑梓親人，林克山，陳景成，陳振源，張秉坤，張長江，蕭德宗，薛永策，諸先生，及翁華碧女士，乃匆促組成臨時籌備會。該團之到訪，喚起全菲金門人熱愛家鄉之情感咸謂岷市同鄉會須趁此熱情付諸規章遂於同年八月九日，假岷市王彬街翠華廳酒家召開第一次籌備會議，出席者除上述八人外，尚有王亨永，王榮傑，李朝龍，李水締，李錫牙，李國賢，李建民，張江彩，張江波，張春盛，張清瑞，張維奎，張嗣生諸先生。同月二十三日菲律賓金門同鄉會於焉成立。設會址於岷市中山街，是為緣起。」
1987年，各理監事進一步捐款，集資352萬披索，其中200萬購置了一處近岷侖洛中國城的大樓12樓辦公室，其他152萬則寄在銀行生息，作為同鄉會獎助學金等用途。其中，發跡於駕牙鄢的林克凱家族（林克凱於1970年過世，當時由他的夫人出面）及林克山兄弟捐款最多。林克山的領導，是馬尼拉金門人能夠團結起來的關鍵。林克山1924年出生於菲律賓駕牙鄢。出生6個月之後，父母親即帶他返回金門定居，住在後浦北門北鎮廟後方。1931年他入金門公學。1937年底日軍佔金，翌年14歲的他隨父親自廈門搭船，重返菲律賓。即使日後功成名就，林克山對原鄉的情感未曾減損。我曾在林克山在世時訪問過他，也到過馬尼拉的金門同鄉會，日久異鄉成家鄉，這裡是菲律賓金門人的鄉情所繫。