為配合對新冠病毒的防疫，金、馬小三通已暫停載客往返，立榮航空金廈一條龍也暫停服務。畢竟，金、馬相對於臺灣距離大陸較近，連帶兩岸人民的往來頻繁，對應當前大陸諸多城市皆陸續封閉管理，包含北京、上海也陸續為加強疫情防控，皆公告強化公共區域的進出管理、對部分地區實行封閉式隔離政策來看，顯見暫停小三通為不得已的選擇。
不過假使對岸之疫情逐漸惡化時，考量金、馬與烏坵各島的地理位置，在當前小三通暫停下，不排除可能有對岸居民仍循其他管道試圖進入金、馬與烏坵各島的可能。對此，金、馬及烏坵各島應考量加強對周遭海域的巡視、監督，並預先決定設置相關隔離場所處、篩檢流程等，以利疫情之防堵。
同時金、馬於此次疫情尚未解除前，短時間與大陸之間經貿往來也將連帶受影響。縣長也表示將評估、調整將來經濟發展模式。但金、馬已建立與對岸經濟往來多年，要一時更動實施多年的發展模式，仍有花時間從長研議的必要。尤其在地觀光業更是明顯受此疫情影響，面臨另一波寒冬來襲。在近年兩岸觀光有逐步縮減現象時，又受到此次疫情衝擊下，雖長遠調整發展模式確實重要，然短期應對、紓困方案仍有預先提出之必要性。
整體而言，對於防疫前線的金、馬及烏坵，中央應對於受此疫情影響之金、馬各產業，另擬定相關暫行辦法，協助當地產業度過難關；對於加強相關海域之巡視、相關防疫工具支援等，中央亦應協助相關調度，完善防疫網之建立。