為有效解決及因應農藥大量施用所衍生的問題，縣政府建設局自94年起即開始推動「金門安全農業發展計畫」，其中農藥殘毒檢驗即為重要環節之一。現今民眾於農、漁會超市所購買到的「安全蔬果」，其農藥殘毒檢驗即是由本縣動植物防疫所負責嚴格把關。
防疫所針對本縣安全蔬果的殘毒分析，係運用「生物檢驗法」的快速檢驗技術；為符合農民生產及運銷的效率，此套快速檢驗技術可以在上午採樣，當日即可作出分析報告，這也是台灣各縣市普遍使用的檢驗技術。
防疫所檢驗的流程，係配合農試所輔導之安全農業示範戶，約於作物採收前一週會同至田間隨機採樣，再將樣品分類標示產地來源，並實施前處理作業，將葉片切碎，以酒精或溴水萃取成液態，再於比色管中加入酵素與萃取液混合均勻，靜置短暫時間後即可置入高精密度之「分光比色儀」中檢驗。此流程由採樣葉片至測試完畢僅約一小時，目前抑制率之容許值需低於35%，超過時必須複驗。凡是低於抑制率之容許值者即為檢測合格之安全蔬果，此蔬果將可由農林課授權農、漁會貼上「金門安全蔬果標章」，提供民眾優質的健康農產品。
據防疫所資料顯示，金門蔬果農藥殘毒檢驗作業自95年底實施以來，2年半總計採樣約740件，其中合格率接近97%。以整體檢驗戶數觀之，有稍微下降的趨勢。至於化學檢驗法之檢驗系統，防疫所亦逐步建立中。
防疫所除了例行配合農試所實施示範戶採樣檢測外，更會不定期提供一般農家檢驗服務，尤其也會定期抽樣送往台灣的專業實驗室做更精密的檢測分析，絲毫不放鬆的雙重把關門檻，就為了以更嚴謹的科學檢驗技術，透過電腦數據分析來保障縣民的飲食健康。電腦不只會「撿」土豆，現在更為大家來「撿」安全的蔬果囉！