黃祖耀，1929年1月10日生於金門，為砂勞越古晉（Kuching, Sarawak）著名富商和慈善家黃慶昌的四公子。
黃慶昌祖籍金門英坑，20世紀初離開金門在東馬砂勞越落腳，初從事樹膠生意，後轉戰新加坡後開設慶和發九八行（貿易商號）。初期自越南輸入白米、魚乾至新加坡，之後從印尼進口飼料。這段經歷，讓黃慶昌熟悉新加坡、印尼之間交通及貿易網絡，開始從印尼蘇門答臘大量收購胡椒，當時，印尼四大胡椒貿易商，全與慶和發號有生意往來。之後又將胡椒生意擴及砂勞越、泰國與越南等地，一躍成為東南亞最大的胡椒生意商。後來，他又成立聯芳號，坐落於新加坡最繁華之一的直落亞逸街（華人又稱源順街，Telok Ayer St.），生意擴及東南亞各地。
黃慶昌熱心興學，長期捐助其發跡地│古晉的華校，如中華第一中學，被殖民政府封為拿督斯里，地位崇高。
1953年8月6日，黃慶昌及其數名友人在新加坡共同創辦大華銀行（United Chinese Bank）。最初在蒙咸大廈（即大華銀行第2大廈原址）內租來的辦公處開業。1965年，大華銀行英文名字改為United Overseas Bank（UOB），沿用迄今。1970年，大華銀行在新加坡股票市場上市。
1974年，黃祖耀接手大華銀行後，積極開拓業務，將業務國際化及多元化，並先後收購了崇僑銀行、利華銀行、遠東銀行和工商銀行。2001年，華聯銀行創辦人連瀛洲博士同意大華銀行主席黃祖耀所提出的合併兩家銀行的計畫，以建立一個首屈一指的亞洲金融機構。為誠摯感謝連博士自1949年以來建立和發展華聯銀行的成就，大華銀行集團特邀請連博士擔任集團的終生名譽顧問。今日大華銀行已是新加坡的四大銀行之一，擁有新加坡和馬來西亞最大的分行網絡。
2007年，黃祖耀將執行長交棒給兒子黃一宗（Wee Ee Cheong），專任集團主席一職。
除了擔任大華銀行的集團主席之外，黃祖耀亦在大華置業集團、虎豹兄弟國際集團、新加坡置地有限公司等公司擔任主席職務。同時，他長期擔任新加坡華社、商社的領袖，如新加坡宗鄉會館聯合總會主席、新加坡中華總商會名譽會長、華裔館董事局主席、福建會館主席、金門會館主席等。
2008年，新加坡國立大學頒發名譽文學博士給黃祖耀主席，以表彰他在銀行、教育以及社團方面所取得的成就。在7月7日新加坡國立大學的畢業典禮上，文學與社會科學院院長陳大榮教授為黃祖耀主席頒發證書時，推崇他「作為本地資源最豐富的銀行家和本地最出色的商人之一，黃祖耀是個敏銳的思想家和規劃師。他的決策能力，在個人和專業領域的奉獻精神，以及勤奮努力、對生活的熱情等都是他成功的要素。」
2011年，黃祖耀主席獲頒新加坡最高榮耀的國慶獎章---殊功勛章（Distinguished Service Order），以表彰他對華社的卓越貢獻。1986年成立的新加坡宗鄉聯合總會，黃祖耀任首屆主席，直到2010年。25年來，他肩負團結本地會館及弘揚中華文化的使命。卸任後被聘為名譽主席。同年，他也卸下福建會館會長職務。在卸職演說裡，他提到會館的當代使命時說：「這些年來，新加坡經歷巨大變化。我們秉承先賢創會宗旨，繼續推廣教育、贊助公益，同時肩負傳承中華傳統文化、發揚華族優良傳統和價值觀的重任。」具有強烈的文化使命感，正是黃祖耀主席不同於一般商人的地方。目前他僅保留新加坡金門會館主席一職。
2010年，黃祖耀主席捐助新加坡幣一百萬（約合台幣2千多萬元）給國立金門大學，以鼓勵故鄉的高等教育邁向卓越發展。國立金門大學人文社會學院冠以黃祖耀之名（Wee Cho Yaw School of Humanities and Social Science），以彰顯他對中華文化的重視，以及商業經營上的不凡成就。