水頭旅客服務中心在八月中旬開始試辦旅客通關作業，要前往大陸的旅客由以往在料羅碼頭通關改由水頭碼頭通關和搭船，感受到所帶來的便利。而昨日上午金門縣副縣長楊忠全也陪同交通部航政司技正包嘉源實地了解旅客通關作業情形，以作為檢討改善的因應。楊副縣長並要求港務處應就風雨走廊施工做好地板舖設，以便利旅客和所攜帶行李的通關更便捷順利。

金門縣政府投資新台幣六百零八萬元，歷時兩個月所興建的水頭旅客服務中心，經過八月十二日的現場演練，及小三通相關單位的配合下，於八月十六日上午啟用並進行測試通關作業。　縣府指出，去年元旦啟動的「小三通」，以料羅港為通航指定港，料羅港至大陸廈門港與水頭港至廈門港在航程上相差約一小時，基於旅客之舒適性，經縣府建議，中央應地方要求，同意如因天候因素可在水頭碼頭上下船，但必須由料羅港辦理通關，實施以來，雖縮短海上航程，但對於攜帶行李者的旅客而言，需重複搬上搬下車與船，造成許多不便，未能完全符合民眾需求，旅客抱怨連連。

由於水頭並無通關設施，長遠上縣府已規劃在水頭港區興建「旅客通關服務中心暨聯合辦公大樓」，並已開始辦理工程招標中，惟因建造期程需二年，緩不濟急，因此在大樓未完成前，利用水頭現有之上碼頭空間以鋼構方式搭間臨時通關設施，就近辦理通關，以節省通關作業流程。水頭旅客服務中心，面積四百九十九點五平方公尺，內部空間配置有旅客候船區、通關區、辦公區及公共廁所等，設備包括內部通關櫃台、貨物檢查Ｘ光機、入出境證照檢查電腦、空調、候船椅等。

縣府指出，為配合該臨時通關作業，縣府在交通部經費的補助下，已在水頭旅客服務中心與浮動碼頭之間，斥資五百萬元填築風雨走廊，預計在二個月內可完工，未來將可有效區隔「小三通」與「大小金門」之旅客，便利民眾乘船，而在相關設施未完成前，希望所有在水頭出入的民眾能共體時艱，遵從交通規定及現場工作人員的指引，以使相關作業能順利進行。