行政院長陳冲二十五日抵金視察，金門縣政府就面臨困難與建議解決方案，也提出為改善金門地區水資源不足及水源水質不佳等問題，建請中央協助推動大型海淡廠及淨水場(含高級淨水單元)等計畫，並同意金門自大陸引水，以徹底解決金門地區基本之用水問題。行政院是責由各相關部會研議辦理。
縣府指出，金門地區因地形條件之限制，湖庫容量過小，長期水源不足，再加上地下水亦有超抽之虞。另考量地區已開放陸客自由行，並規劃建構「國際觀光休閒島嶼」、「大學島」與「免稅島」等計畫，初步檢討金門地區現況已有水資源短缺之問題，若再加計保育地下水資源之減抽水量，其相對於民國一百一十年中成長用水需求，供水缺口將達到每日二萬五千噸。
因此，目前金門縣政府除提升金門地區地表水資源之利用率、推動節約用水、降低漏水率與回收水再利用等計畫外，後續亦將積極辦理大金門既有每日二千噸海水淡化廠之改善與擴建。並協調經濟部水利署水利規劃試驗所儘早完成大型海淡廠(每日二萬噸以上)之先期選址與規劃作業，以因應地區未來發展所需。
縣府指出，在水質方面，金門地區主要水庫，其集水區主要位於既有之住宅聚落及農牧區內，難以依自來水法劃設水質水量保護區。又金門之水庫庫容過小，深度不足，極少量之廢水污染即可造成水庫水質不佳，且湖水長期靜置不流動，致優養化嚴重，藻類繁殖茂盛，部分水庫受臨海影響，有鹽化現象，近年之監測結果，各水庫在「優養化指數」、「總有機碳」、「總溶解固體量」及「氯鹽」等指標有所偏高，超過法定標準數倍以上，旱季之原水水質亦呈現各種臭味；於加氯消毒過程中又因淨水流程中還殘餘大量有機物，致容易衍生消毒副產物│總三鹵甲烷，現傳統淨水流程又難以處理，造成口感不佳，並影響消費者健康，長期以來為民眾詬病。
另地區既有淨水場設備老舊，現有供水配水設施產能不佳，以目前老舊之淨水設施難以處理不符法令標準之原水。依臺北自來水事業處工程總隊協助金門縣政府完成之「金門自來水擴建規劃報告」(九十九年十月)，既設淨水老舊致產能衰退，且原有場地亦無空間進行擴建，再加上未來水質標準將會逐步提升，因此，建議新建一座日產五萬噸之淨水場(含高級淨水單元及相關供水配水等設施)以為因應，執行期程為十年，總經費約需三十億餘元。目前金門縣政府已提列第一期五年計畫經費約十六點三三億元，報請經濟部水利署爭取政策同意與經費補助，後續縣府將依經濟部審議意見儘快修正完成重新提報複審。
縣府指出，惟高級淨水處理及海淡水之成本極高，且較為耗水，對於缺水之金門而言，並非屬永續經營之最佳方案，因此由境外引水，係解決金門水資源欠缺及原水水質不佳的次佳選擇。「金門自大陸引水計畫」業由經濟部評估在技術、安全與經濟上均為可行，建議同意推動，案經報請行政院經建會審議後，行政院秘書長於九十八年七月十日函請經濟部重新檢討修正後再報，目前經濟部水利署已於九十九年十二月依行政院審議意見重新針對檢討用水需求，並納入大陸引水及雨水再利用計畫等建議，完成「離島地區中長程供水檢討規劃」，後續應再按程序將「金門自大陸引水計畫」提報行政院審議，爭取政策同意支持，以徹底解決金門地區基本之用水問題。
而縣府提案建議中央解決方案，主要為：
＊建請經濟部水利署早日完成大型海淡廠(每日二萬噸以上)之先期選址與規劃作業，以因應地區未來發展所需。
＊請支持「金門自來水擴建計畫(第一期)」，所需經費十六點三三億元，請同意分年補助，以改善地區自來水質不佳之問題。
＊請同意「金門自大陸引水計畫」，並支持所需經費。