109年國中教育會考，考生全程戴著口罩應試。（金門高中提供）

連續二日的109年國中教育會考，17日上午依序考自然科、英語閱讀，受到2019冠狀病毒疾病疫情影響，英語聽力暫停施測，因此中午前就全部考完。6月5日將寄發國中教育會考成績單，並開放網路查詢。
受到疫情影響，今年會考有多項防疫措施，包括考生全程戴口罩，進考場需量測體溫，禁止家屬陪考等。由於試場需保持通風，同時開冷氣及開窗，室內播音易受干擾，今年會考為避免影響測驗公平性，英語聽力測驗暫停施測，因此原本要考到12時30分，改為11時30分就結束，考生提早一小時解脫。原本會考英語科成績包含閱讀測驗80%、英聽20%，取消英聽後，英語科只考閱讀測驗並以此計算成績，題數維持四十題至四十五題。6月5日將寄發國中教育會考成績單，並開放網路查詢。
國中教育會考之後，想繼續升學的學生亦請注意其他升學管道的辦理日期，如：各就學區辦理優先免試入學、五專優先免試入學、技優甄審入學、運動績優生甄試……。5月18日至22日五專優先免試入學報名，5月21日至22日技優甄審入學、實用技能學程報名，5月30日至31日運動績優生甄試。其他重要日程請參閱「109學年度國中教育會考及全國高級中等學校與專科學校五年制適性入學重要日程表」。