經濟部為解決低污染既有未登記工廠問題，修正「工廠管理輔導法」並於109年3月20日實施，新增第4章之1「未登記工廠與特定工廠之管理及輔導」專章，針對105年5月19日前既有低污染未登記工廠於工輔法修法施行之日起2年內自行或於直轄市、縣(市)主管機關通知後申請納管，並於修正施行之日起3年內提出工廠改善計畫。提醒地區符合納管資格之未登記工廠，把握這次工廠管理輔導法修法，在法定期限內送件申請納管。
縣府建設處表示，凡屬105年5月19日前從事物品製造加工之既有未登記工廠，且其廠房面積達一定規模者(從事化學、食品類加工之工廠，其廠房面積達50平方公尺以上；電力容量、熱能指馬力與電熱合計達2.25千瓦以上者，前述以外工廠，廠房面積達150平方公尺以上；電力容量、熱能指馬力與電熱合計達75千瓦以上者)，應於111年3月19日前依照「工廠管理輔導法」第28-5條規定向縣政府申請納管，並於112年3月19日前提出工廠改善計畫，依核定之工廠改善計畫期限完成改善後，再申請特定工廠登記。
建設處說明，辦理特登過程雖不易，但為永續經營是必須；客戶知道是合法工廠，也會更放心的下單，創造雙贏。未登記工廠若未於111年3月19日前向縣政府申請納管，將依「工廠管理輔導法」第30條規定令其立即停工。縣府建設處呼籲符合上述規定尚未送件申請的未登記工廠業者，把握這次工廠管理輔導法修法，在法定期限內送件申請納管。另因地區特色產業業者常年囿於產業用地不足，無法取得合法用地作生產事業，致使未能完整取得合法之工廠登記證，生產規模難以拓展並限縮產品銷售通路，縣府推動本縣第一個產業園區刻正進入招商作業，提供金門特色產業的業者進駐。
建設處表示，為方便民眾查詢相關納管及申請特定工廠登記等相關事宜，已在金門縣政府全資訊網提供相關資訊，並提供單一服務窗口(建設處工商科郭先生，電話：326204)及相關申請書件填寫範本供廠商參考，以利廠商申請辦理，並能在期限內完成各項程序，轉變為合法工廠。