金門植物園區前身為太武苗圃營區，金門縣林務所爭取中央及地方預算支持下，投入經營及復育，園區內生態環境良好，植物和昆蟲多樣且豐富，不僅原生植物種類多，由於環境棲地保育良好，也成為鳥類的天堂。由於植物園區早期為軍方的苗圃連，因此園內也有許多的軍事碉堡，林務所將其活化整理為各旅遊資訊站、環境劇場、球型劇場等各類展館，加上竹廊道、木屑步道及生態河岸區等串連園區內各展館、自然景觀區域。
林務所同時運用植物園內之生態資源及軍事特色，發展環境教育課程，經過不斷努力，金門植物園在108年4月獲得行政院環境保護署認證通過「環境教育設施場所」，是金門地區第4個環境教育設施場所，也讓金門植物園成為融合生態、人文、軍事、教育等元素休閒場域。
而金門植物園區近期公告，串聯園區虎軍碉堡、球型劇場至老兵故事館的木屑步道，以及園區左側步道，經林務所爭取行政院農業委員會離島建設基金補助進行園區環境改善作業，今年投入修繕，工程施作自2月6日至6月底，特別提醒民眾近期入園遊玩，請特別留意工程車輛進出，注意自身安全；連假期間今（27）日部分場館未開放。籲請鄉親入園賞花、賞鳥、遊憩時請把垃圾帶走，並且切勿任意攀折或摘採花木，共同珍惜金門珍貴的綠色資源。