「台大校長原本由校務會議投票選出前兩名人選，再送教育部長圈選。八年前，教育部前部長杜正勝圈選了第二名的李嗣涔，沒有選第一名的楊永斌，引發不小爭議」，「這次台大校長改由校內外人士共組二十一人遴選委員會票選，名單出爐後只要送教育部備查，等於選出首任完全非官派的台大校長」，「校務會議推薦投票支持度最高的楊永斌，這一次又和校長擦身而過，以一票之差落敗，過程非常戲劇性」。
〈一票之差，楊泮池當選台大校長〉，出自二○一三年三月十二日聯合報焦點新聞的標題、報導，傑出學人楊永斌再度與台大校長擦身而過，不只多數支持楊永斌的台大校務會議師生代表感到遺憾，即連楊永斌的金門故鄉人也同感失落，臉書、網路上出現了不少討論、情緒釋放的聲音，甚至與金門政治、土地扯上邊，諸如「對台灣這些政治精英而言，金門永遠是個弱知識文化和落後的邊域。功能只是忠誠的衛士和兵哨」，「蔣經國早就定位金門的位置，四十幾年國民黨和民進黨對金門的觀念，就是蔣經國的金門意識。悲哀！」「政治封殺！可悲！」，但亦有人以心靈開示，「一切有為法，如夢幻泡影，如露亦如電，應作如是觀」。一場台大校長的選舉結果，何以觸動了金門人的土地情感與政治敏感神經？箇中有近因亦有遠因，值得我們冷靜探究，也需平心看待。
「傑出的校長是任何一所具使命感的頂尖大學之靈魂，惜自一九五○年傅斯年校長辭世後，台大校長的產生均受政治因素影響」，台大校長遴選前夕，三月八日台北中國時報時論廣場版刊登兩位台大學者金傳春、黃達夫的投書〈台大尋尋覓覓〉，一語道破「政治因素」影響了台大校長的選舉。我們回溯二○○四年扁政府時代的台大校長選舉，多強角逐下，唯一一位在校務會議第一輪就過關的楊永斌，與第二輪投票才產生的李嗣涔，兩人被送到教育部長室圈選，單憑陳水扁欽定的部長杜正勝大筆一揮，揮掉了台大校內師生選出的第一名校長候選人楊永斌，此舉引發校園、學術界強大議論，咸　認政治干預學術自由、校園自主，作掉了對外有國際聲望、對內有治校人望的楊永斌，金門鄉親亦表達不滿情緒，向到訪的立法院長王金平陳情，也走向立法院抗議不公，金門日報亦以重要版位處理此一事件，並引律師、金門學人聯誼會理事長黃怡騰的仗義直言，「他對教育部不按牌理出牌，不依候選人成就做決定的作為，深不以為然，政治干預的痕跡存在，要求教育部長杜正勝給楊永斌、給金門鄉親一個交代」，而當事者楊永斌表現了相當的自制力與器度，對鄉親的關心相挺，深感溫馨，但也呼籲所有鄉親以大局為重，避免造成社會不安，影響教育百年大計，又針對競選期間對他不實指控的言論、黑函，投書報端作出澄清，「台大校長可不做，人格不可被污衊」。
八年前台大校長教育部圈選不公事件，促成了八年後公立大學校長遴選制度的修正，這一回，楊永斌挾著國立雲林科技大學校長四年治校的亮眼成績，又具奧地利國家科學院外籍院士、中國工程院院士的國際聲望，捲土重來參選台大校長，在六名候選人中，依然是台大校務會議票選出的第一名，不意在三月十一日遴選委員選出台大校長前的上午，民進黨立委李俊俋、何欣純召開記者會揭露楊永斌是「中國工程院院士」，指出「擔任院士必須具有中國籍，並認同一個中國」，儘管楊永斌澄清絕對沒有中國籍，也沒簽署過認同「一個中國」的文件，但此一事件在選舉日瞬間引爆、發燒，多少干擾了選舉，楊永斌最後以一票飲恨。
「政治因素」再度影響了金門傑出學人楊永斌當選台大校長？遺憾之餘，我們仍然要肯定楊永斌跨兩岸與國際的學術成就，及其溫厚、踏實愛鄉的人格特質，為台灣學界，也為金門學人立下典範。