農地經法院拍賣後，若符合農業使用規定，仍有機會申請不課徵土地增值稅。不過，相關申請有明確期限，納稅義務人與拍定人應特別留意，以免錯失權益。
金門縣稅務局表示，農地經法院拍賣時，稅務局會先依一般用地稅率核定應納土地增值稅，並請法院自拍定價款中代為扣繳。同時，稅務局也會發函通知權利人（拍定人）及義務人（原土地所有權人）。若該農地在拍定當時確實符合農業使用規定，且拍定人為自然人，即可依相關規定申請不課徵土地增值稅。
申請程序方面，拍定人或原所有權人須在收到稅務局通知書的次日起30日內，檢附由土地所在地鄉（鎮、市）公所核發的「農業用地作農業使用證明書」，向稅務局提出申請。民眾須在通知送達後30日內向鄉鎮公所申請該證明書，公所核發證明所需的作業時間可自申請期限中扣除，但若超過申請期限，將無法再提出不課徵土地增值稅的申請。
金門縣稅務局進一步說明，是否符合「作農業使用」的認定，是以法院拍定當時的土地使用狀態為準。若農地在拍定時並未符合農業使用規定，即使日後補辦相關容許作農業使用程序，也無法適用不課徵土地增值稅的規定。因此，民眾在參與農地法拍或處理相關事宜時，應事先了解土地實際使用情形，以避免影響自身權益。
此外，若經審核後核准不課徵土地增值稅而產生應退還稅款時，由於該稅款原屬拍定價款的一部分，稅務局不會直接退還給土地所有權人，而是將款項交由法院辦理重新分配，以確保拍賣程序及債權分配的合法性。
金門縣稅務局提醒鄉親，涉及法院拍賣農地的土地增值稅申請程序及期限規定相當嚴格，民眾收到通知後應儘速確認土地是否符合農業使用條件，並依限辦理相關證明文件及申請程序，以維護自身合法權益。